Question

我想使用for loop生成ggplots的列表。

sig_snp<-c("rs644045_A","rs12997044_C","rs17739727_A")

p_re<-list() 

for ( i in sig_snp){
 test %>% dplyr::select(i,type,micro1) %>%
 ggplot(aes(factor(type),log(micor1) )) + 
 geom_boxplot(aes(fill = factor(i)))+
 xlab('')+ylab('log abundance')->p_re[[i]]
}

错误显示如下：

错误：所有select（）输入必须解析为整数列位置。以下不： *我

我已经以这种方式测试了for循环中的每个i：

   test %>% dplyr::select(rs644045_A,type,micro1) %>%
   ggplot(aes(factor(type),log(micor1) )) + 
   geom_boxplot(aes(fill = factor(rs644045_A)))+
   xlab('')+ylab('log abundance')

它单独工作，但为什么不在循环中工作？

Answer 1

棘手的部分是select_和get()：

get()答案来自此处：Remove quotes from a character vector in R

然而，在我的情况下，它在循环中不起作用。我认为这可能是由于我的代码中的双循环（我不确定）。

无论如何，还有另一种方法可以做到：

 test[,c(sig_snp,"type","micro1")]%>%
    melt(id=c("type","micro1"))%>% # head()
    ggplot(aes(factor(type),log(micro1) )) + 
    geom_boxplot(aes(fill = factor(value)))+
    xlab('')+ylab('log abundance')+facet_grid(.~variable)

我从这里得到了这个想法Looping over variables in ggplot

Answer 2

如果你需要在列表中保留每个SNP的ggplot输出，那么最好使用lapply输出列表，例如：

library(ggplot2)

#dummy data
test <- mtcars

#significant SNPs
sig_snp <- c("mpg", "cyl", "disp")

#create list of ggplots per SNP
p_re <-
  lapply(sig_snp, function(i){

    ggplot(test, aes_string("qsec", i)) +
      geom_point()

    })

#assign names
names(p_re) <- sig_snp

#plot
p_re$mpg

在ggplot2中使用for循环生成列表

2 个答案: