Question

我有一个1000x1000矩阵，由a-z字母的随机分布组成，我需要能够在秩丰度分布图中绘制数据;但是我遇到了很多麻烦，因为a）它都是字符格式，b）它是一个矩阵而不是一个矢量（尽管我在一次尝试中将它改为矢量）， c）我似乎不知道如何总结数据，以便让物种丰富，更不用说能够对物种进行排序了。

矩阵的代码是：

##Create Species Vector
species.b<-letters[1:26]


#Matrix creation (Random)
neutral.matrix2<- matrix(sample(species.b,10000,replace=TRUE),
                        nrow=1000,
                        ncol=1000)


##Turn Matrix into Vector
neutral.b<-as.character(neutral.matrix2)



##Loop
lo.op <- 2
neutral.v3 <- neutral.matrix2
neutral.c<-as.character(neutral.v3)

repeat {
  neutral.v3[sample(length(neutral.v3),1)]<-as.character(sample(neutral.c,1))
  neutral.c<-as.character(neutral.v3)
  lo.op <- lo.op+1

  if(lo.op > 10000) {
    break
  }
}

创建一个矩阵，1000x1000，然后随机替换10,000个元素（我想，我不知道如何检查它，直到我可以检查物种丰度/等级分布）。

我已经运行了几次以获得neutral.v2，neutral.v3和neutral.b，neutral.c，所以我理论上应该有两个矩阵/向量，我可以绘制和比较 - 我只是不知道如何在纯粹的角色数据集上这样做。

我还创建了两个向量的矩阵：

abundance.matrix<-matrix(c(neutral.vb,neutral.vc),
      nrow=1000000,
      ncol=2)

后来的要求是网站，我的代码的每次重复（最终为neutral.v2到neutral.v11）都可以被视为一个单独的网站;但这并没有改变我不知道如何处理字符数据集的事实。

我认为我需要计算矩阵/载体中每个物种的丰度，然后通过radfit（纯素）或某种形式的rankabundance / rankabun plot（biologicalR）运行它。但是对这些功能的要求是：

rankabundance(x,y="",factor="",level,digits=1,t=qt(0.975,df=n-1))

x社区数据框，其中网站为行，种类为列和物种丰富度作为细胞价值。 y环境数据框架。 factor环境变量

在我拥有的数据中不可用，就所有意图和目的而言，我只有一个1,000,000种位置的“地图”，根本不知道如何分析它。

任何帮助都会受到赞赏：我不觉得我已经很好地解释了它，对此感到抱歉！

Answer 1

我不确定你想要什么，但是这将总结数据并将其变成数据框架以获得rankabundance

counts <- as.data.frame(as.list(table(neutral.matrix2)))
BiodiversityR::rankabundance(counts)

R

1 个答案: