Question

使用“ComplexHeatmap”包中的“oncoPrint”功能我希望将列名（在附加图像中以绿色显示）从垂直旋转到水平，因为这样更容易阅读。

我尝试了很多gpar选项而没有成功：las，rot，crt，srt

示例：column_names_gp = gpar（las = 1）

示例：ht_global_opt（heatmap_column_names_gp = gpar（las = 0））

这一定是可能的......但是如何？

这是我的业余代码，后跟一些数据（基因名称已被更改以保护无辜者）。

库（ComplexHeatmap）

Filepath_details＆LT; -file.choose（）

mat = read.table（Filepath_details，header = TRUE，stringsAsFactors = FALSE，sep =“，”）

mat [is.na（mat）] =“”

rownames（mat）= mat [，1] #define行名称作为样本ID。

mat = mat [，-1] #column 1现在是多余的，所以删除它。

mat = mat [，-ncol（mat）] #making确保他选择了整个表格。

mat = t（as.matrix（mat））＃将数据转换为矩阵。

mat [1：3,1：3]＃这只是对3x3数据处理进行目测检查

alter_fun_list = list（        background = function（x，y，w，h）{            grid.rect（x，y，w-unit（0.5，“mm”），h-unit（0.5，“mm”），gp = gpar（fill =“＃CCCCCC”，col = NA））        }，        “废话”=函数（x，y，w，h）{            grid.rect（x-0.008，y，w * 0.45，h-unit（0.5，“mm”），gp = gpar（fill =“red”，col = NA））        }，        “missense”= function（x，y，w，h）{            grid.rect（x-0.008，y，w * 0.45，h-unit（0.5，“mm”），gp = gpar（fill =“blue”，col = NA））        }，        “silent”= function（x，y，w，h）{            grid.rect（x + 0.008，y，w * 0.45，h-unit（0.5，“mm”），gp = gpar（fill =“forestgreen”，col = NA））        }    ）

col = c（“silent”=“forestgreen”，“废话”=“红色”，“missense”=“蓝色”）

oncoPrint（mat，get_type = function（x）strsplit（x，“ - ”）[1]，        alter_fun_list = alter_fun_list，col = col，show_column_names = TRUE，column_names_gp = gpar（cex = 0.5，font = 1，col =“green”），heatmap_legend_param = list（title =“Mutations”））

A tiff image of some fictional gene mutation data

将一些虚构数据保存为文本文件：，汤姆，迪克，哈利，FRED，BILL，TOD，摇奖，ANDY，SIMON，JED，WESS，GARY，菲尔，伯特，JOHN，WALT，DOUG，STAN，休，悬崖，纳特EARL，GREG，ED，HENRY将，保罗，杰克，MICK 2 ,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,

5 ,,,无声,,,,,,,,,,错义,,,,,,无声错义,,错义,,错义,,,,,,

6 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,无声,,,,

11 ,,,,,,,,无声,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

12 ,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,错义，

14 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义，

15 ,,,,,,,,,,,,无声,,错义,,,,,,,,,,,,,,,

17 ,,,,,,,,无声,,,,无声,,,,,,,,,,,,,,,,错义，

18 ,,,,,错义,,,,,,,,,,,,错义,,,,,错义,,,,,,,

19 ,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,

20 ,,,无声,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义，

23 ,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,,,无义，

27 ,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,

28 ,,,错义,,,,,,,无声,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义，

29，错义,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

30 ,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

31 ,,,,,,,,,,,错义,,,,,,错义,,,,,,,,,,,错义，

39 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,

42 ,,,,,,,,,,,,无声,,,,,错义，错义,,,,,,,无声,,,,

43 ,,,,,,,,,,无声,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义，沉默

45 ,,,,无声,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义，

46，错义,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,无声错义,,,,,,错义，

47 ,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,无义,,,,,,,,

50 ,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,无义,,,,,

51 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,

52 ,,,,,,,,,,,,,无声,,错义,,,,无声,,,,,错义，错义，错义，无声,,

60 ,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

63 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,无义，

64 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,错义，

65 ,,,,,,,,,,,,,,,,,错义,,,,,,,,,,,,

66 ,,,,,,,,,,,,,无声,,,,,,,,,,,,,,,,

我真的希望有人能在这里帮助我...我以前没有被R这么难过。

谢谢......

安德鲁

Answer 1

我不认为将列名设置为水平将很容易阅读...

但是，如果要这样做，可以先取消列名称，然后添加列注释，这些列注释是oncoprint底部的列名。

首先定义一个包含列名的列注释，同时我们计算列名的高度：

ha = HeatmapAnnotation(cn = anno_text(colnames(mat), just = "top", offset = unit(1, "npc"))
ha_height = max_text_height(colnames(mat))

接下来禁止列名称并将列注释添加到热图的底部。

oncoPrint(mat, get_type = function(x) strsplit(x, "-")[1], 
    alter_fun_list = alter_fun_list, col = col, 
    show_column_names = FALSE, 
    column_names_gp = gpar(cex=0.5, font=1, col= "green"), 
    heatmap_legend_param = list(title = "Mutations"),
    bottom_annotation = ha, bottom_annotation_height = ha_height)

R：包“ComplexHeatmap”：oncoPrint：如何旋转列名。它们默认为垂直，我想要水平

1 个答案: