Question

我在100 x 100矩阵中从每个条目到每个其他条目的相似性得分在0到1之间。所以例如[0,0]为1，[0,1]可能为.54等。相似度得分是使用Shannon Jensen分歧生成的。

我想使用病房聚类（但对其他建议持开放态度）将这些聚类在一起，我尝试了以下代码：

    x = np.array(mylist)
    print x.shape#(100,100)
    clustering = scipy.cluster.hierarchy.ward(x)
    scipy.cluster.hierarchy.dendrogram(clustering)

but I am getting the error:

Traceback (most recent call last):
    File "C:/Python27/ward.py", line 38, in <module>
    clustering = scipy.cluster.hierarchy.ward(y)
    File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\cluster\hierarchy.py", line 465, in ward
    return linkage(y, method='ward', metric='euclidean')
    File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\cluster\hierarchy.py", line 620, in linkage
    y = _convert_to_double(np.asarray(y, order='c'))
    File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\cluster\hierarchy.py", line 928, in _convert_to_double
    X = X.astype(np.double)
ValueError: setting an array element with a sequence.

我是否需要先对阵列进行一些转换或使用其他方法？

试图在scipy中用n矩阵进行病房聚类

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