Question

我正在使用bash。我已尽力而为。它总是在regexr中工作。它适用于其他文件。对于一个文件，它无论如何都无法正常工作。我无法使用?使量词变得懒惰。我无法隔离dbsnp文件。请帮帮我！

vcfs=$(find . -type f -name "*\.vcf" -printf "%f\n")

echo "$vcfs"

>1000G_omni2.5.b37.vcf

>1000G_phase1.indels.b37.vcf

>1000G_phase1.snps.high_confidence.b37.vcf

>dbsnp_138.b37.vcf

>hapmap_3.3.b37.vcf

>Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf

thousandG=`expr "$vcfs" : '.*\(1000G_phase1.indels[^\n]*\.vcf\)'`

echo $thousand

>1000G_phase1.indels.b37.vcf

GoldStandard=`expr "$vcfs" : '.*\(Mills_and_1000G_gold_standard.indels[^\n]*\.vcf\)'`

echo $GoldStandard

>Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf

dbsnp=`expr "$vcfs" : '.*\(dbsnp_[1-9][3-9][3-9][^\n]*\.vcf\)'`

echo $dbsnp

>dbsnp_138.b37.vcf

>hapmap_3.3.b37.vcf

dbsnp=`expr "$vcfs" : '.*\(dbsnp_[1-9][3-9][3-9][^\n]*?\.vcf\)'`

echo $dbsnp

>

dbsnp=`expr "$vcfs" : '.*\(dbsnp_[1-9][3-9][3-9].*?\.vcf\)'`

echo $dbsnp

>

echo `expr "$vcfs" : '.*\(hapmap_[\n]*\.vcf\)'`

>hapmap_3.3.b37.vcf

Answer 1

来自expr的手册页：

STRING：REGEX 执行模式匹配。参数被强制转换为字符串第二个被认为是（基本的，一个GNU` grep'） 正则表达式

在基本的GNU grep正则表达式中，不支持非贪婪匹配修饰符。

考虑使用其他工具，例如sed，awk，grep -P等

在您的具体示例中（文件名中不会有换行符），您只需执行echo "$vcfs" |grep "^dbsnp_[1-9][3-9][3-9].*\.vcf"

如何在expr中进行非贪婪的匹配

1 个答案: