在nlme中指定多个单独的随机效果

Question

我正在分析一些鲸鱼旅游数据，并试图在nlme包中构建线性混合效应模型，以查看我的任何解释变量是否会影响鲸鱼和游客之间的相遇时间。 （我也愿意在lme4中运行此模型。）

我的变数是：

• mins：遇到时间（响应变量）
• Id：个人鲸ID（随机效应）
• Vessel：容器ID（随机效果）
• Sex：动物的性别
• Length：动物的长度
• Year
• Month（嵌套在Year内）。

所以我的随机变量是Id和Vessel，我也有Year和Month作为嵌套随机效果。

我想出了以下内容：

form1 <- formula(Min ~ length + Sex+ Encounter)
 model1 <- lme(form1, 
              random = list(Id = ~1, 
                            Vessel = ~1, 
                            Year=~1,
                            Month = ~1), data=wsdata, method="ML")

但是我的所有随机效果都嵌套在Id中。

有什么方法可以将Id和Vessel定义为单独的随机效果，将Year和Month定义为嵌套随机效果？

Answer 1

一般情况下，lme4中指定交叉（你的意思是＆＃34;单独＆＃34;，我认为）随机效果要容易得多，所以除非你需要时间或空间自相关或异方差性的模型（使用nlme更容易实现），我会继续

library(lme4)
fit <- lmer(mins ~ Length + Sex+ (1|Id) + (1|Vessel) +
                (1|Year/Month), data=wsdata, REML=FALSE)

其他一些评论：

• 什么是encounter？它在您的公式中，但不在您对数据集的描述中
• 看起来很可能遇到时间（遇到的持续时间？）会有所偏差，在这种情况下你可能想要对它们进行对数转换。