我有一个DB包括：物种ID（作为因子），计数，站点，访问，年份。在此处查找子集[Google Drive]
我想创建一个具有维度的4D数组：种类，网站，访问和年份。计算为单元格值。我正在使用以下代码：
y<-tapply(counts,list(species,site,visit,year), sum)
有些网站并未随时间访问。因此在细胞中获得NA，实际上很好。我的问题是，在一定的访问和一年访问一些网站，但没有看到物种。原始数据库只有计数（除少数例外）。因此，代码为这些单元格提供NA值，但我想要一个0值。
任何人都有关于如何在访问该网站时添加这些0值单元但是没有看到该物种的任何建议，同时在没有访问网站的情况下保留NAs？
非常感谢提前。
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鉴于您的数据位于directive[] df
data.frame