使用带有NA的数据进行tapply

Question

我有一个有一些NA的数据列（Percent.Plant.Parasites）。我想把这些数据的平均值按因子排序＆＃34; Stage＆＃34; （即stage1 Mean = x，stage2 Mean = y等）。我尝试使用

这样做

tapply(rawdata$Percent.Plant.Parasites, rawdata$Stage, mean)

但是，由于数据中存在NA，因此我获得了NA。我不相信tapply有一个na.rm选项（有吗？），所以我尝试使用以下方法计算每个阶段因子的平均值：

mean(subset(rawdata,subset=Stage=="stage1")$Percent.Plant.Parasites, na.rm=TRUE)

无济于事。相反，我得到了错误：

In mean.default(subset(rawdata, subset = Stage == "Kax")$Percent.Plant.Parasites,  :

参数不是数字或逻辑：返回NA

然而，当我这样做时：

typeof(subset(rawdata,subset=Stage=="Kax")$Percent.Plant.Parasites)

我得到integer

我出错的任何想法？

感谢。

Answer 1

为什么不创建一个新函数，称之为mean_NA，在计算均值之前简单地删除NA，然后在tapply中使用该函数？类似的东西：

mean_NA<-function(v){
    avg<-mean(v, na.rm = T)
return (avg)
}

如评论所述，请确保您采用的数据是数字/整数，而INDEX是因子（组）。你可以像这样使用新创建的函数：

tapply(X = rawdata$Percent.Plant.Parasites, INDEX = rawdata$Stage, mean_NA)