Question

我使用R包adegenet绘制邻居加入树。

在我的文件中，我有20,000列和500行。行对应于个人。我的第一列是人口ID，第二列是个人ID。列包含值0,1＆amp; 2.我可以用一种颜色绘制树，但根据人口，我希望每个簇都是不同的颜色。

这就是我所做的，如果“dat”是我的数据文件，那么

D<-dist(as.matrix(dat))
tre<-nj(D)
plot(tre, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, edge.col="Blue")

如果我尝试edge.col=c("red","green","blue")，我会遇到以下错误：

Error in if (use.edge.length) unrooted.xy(Ntip, Nnode, z$edge, z$edge.length,  : 
  argument is not interpretable as logical

感谢任何帮助！

Answer 1

您的示例应该是可重现的，以便更容易帮助和重现您的问题。请参阅此帖子了解more details。我正在尝试iris，它就像一个魅力。顺便说一下，我认为这里不需要adegenet，plot实际上是包plot.phylo中的ape}，所有其他功能都是内置的或来自ape）。

文档（?plot.phylo）说：

edge.col模式字符的向量，给出用于绘制绘制的系统发育的分支的颜色。这些被视为与phy的组件边缘相同的顺序。如果给出的颜色少于边缘长度，则颜色会被回收。

ape会保留订单或行，您可以使用factor为颜色矢量编制索引，因此使用iris的可重现示例可能是：

library(ape)
D <-dist(as.matrix(iris[, 1:4]))
tree <- nj(D)
plot(tree, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, 
           edge.col=c("red","green","blue")[iris$Species])

这就是你想要的吗？

使用adegenet R包的树中不同簇的不同颜色

1 个答案: