Question

我正在尝试使用Rcpp将BayesOpt C ++库中的功能扩展到R.我是一个长期的R用户，但对C ++来说相对较新，我遇到了一些问题。我已经按照Rcpp的插图设置了一个包，我理解这是将外部C ++库引入的最好方法。

我已将src / Makevars中的PKG_CPPFLAGS和PKG_LIBS设置为BayesOpt包含文件夹和库，我在src /中有一个.cpp文件（称为test.cpp），它使用#include来处理来自BayesOpt的一些头文件。在这个文件中，我有/\\.高于我想要导出的函数。

当我运行// [[Rcpp::export]]时，库似乎正在成功运行 - 查看日志，一切顺利，直到它尝试加载刚刚“安装”的软件包。然后，我得到

R CMD check mypackage

在错误日志中。 ** testing if installed package can be loaded Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/me/p3/mypackage.Rcheck/mypackage/libs/mypackage.so': /home/me/p3/mypackage.Rcheck/mypackage/libs/mypackage.so: undefined symbol: _ZTIN8bayesopt13DiscreteModelE给出echo _ZTIN8bayesopt13DiscreteModelE | c++filt，这是我的test.cpp文件中第一个使用BayesOpt标头的对象。为了解决这个问题，我看起来又高又低，但我似乎找不到一个。我想相信Makevars正确地指向库，因为它能够在第一次安装检查期间找到头文件 - 只有在加载候选包时我得到这个未定义的符号错误。我看过一个使用外部库的Rcpp示例，但是Dirk在我看到的答案中指出的typeinfo for bayesopt::DiscreteModel，有一个3500+行配置脚本填充了Makevars，它是一个很难解析。

我很感激任何人的帮助 - 我的最后一招是把所有东西都放到RcppGSL中，但对于一个已经整齐有序的图书馆而言，这似乎很麻烦而且不够优雅。

Answer 1

不要查看自动生成的configure脚本 - 查看configure.ac哪个是它的来源，哪个是5行重要（见下文）加上5设置和完成线。

简而言之，您可能只需要为两个标头（通过-I...）和链接（通过-L... -l...）加载值。

为此，我们在src/Makevars.in：

中执行此操作

# set by configure
GSL_CFLAGS = @GSL_CFLAGS@
GSL_LIBS   = @GSL_LIBS@

# combine with standard arguments for R
PKG_CPPFLAGS = $(GSL_CFLAGS) -I../inst/include
PKG_LIBS = $(GSL_LIBS)

由@GSL...@表示的两个变量都是通过configure和configure.ac设置的（实质上）在断言我们拥有它之后调用gsl-config：

## Use gsl-config to find arguments for compiler and linker flags
##
## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([GSL_CONFIG], [gsl-config])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${GSL_CONFIG}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    GSL_CFLAGS=`${GSL_CONFIG} --cflags`
    GSL_LIBS=`${GSL_CONFIG} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([gsl-config not found, is GSL installed?])
fi

在过去十年左右创建的许多其他库使用了一个名为pkg-config的类似（但更通用）的工具，其用途相同：将编译和链接器标志传递给使用该库的程序。

你做需要两者，你的评论

我想相信Makevars正确指向库，因为它能够在第一次安装检查时找到头文件

表示您已将编译整理出来但不链接或可能不是您库的系统配置。同样，对于RcppGSL，构建期间的最后一行是以下（为简洁起见编辑）

g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -o RcppGSL.so \
 RcppExports.o fastLm.o setErrorHandler.o \
 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lgsl -lgslcblas \
 -lm -L/usr/lib/R/lib -lR

它将三个源文件与两个与GSL相关的库以及R和数学库相链接。您必须在构建中看到类似的内容，或者未正确设置。

编辑：如果您将BayesOpt捆绑在软件包中，则需要将其构建到静态库中并在src/Makevars中列出。这是一个不同的用例：对于RcppGSL，我们寻找系统 GSL安装。本地不同。您可以研究处理这两种情况的nloptr包。

Rcpp：无法加载共享对象，未定义的符号

1 个答案: