Question

当我尝试编译任何代码时，我收到以下错误消息。以下是sessionInfo()的示例和输出。以前的例子有用，但我遇到RcppArmadillo的问题。所以我安装了gfortran编译器的HPC版本，这是一个错误。当我尝试编译某些东西时R刚刚崩溃（CRAN也警告HPC版本）。最后，我在CRAN here上安装了该版本，但现在对cppFunction或sourceCpp的任何调用都会产生以下错误。我已经尝试卸载gfortran，R，Rcpp并再次安装它们。同样的错误。 gfortran -v的输出有点令人困惑。有什么想法吗？

示例代码

require("Rcpp")
cppFunction('
    int add(int x, int y, int z) { 
      int sum = x + y + z;
      return sum;
    }'
)

错误消息

Error in dyn.load(context$dynlibPath) : 
  unable to load shared object '/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so':
  dlopen(/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
  Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib
 in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

会话信息的输出

R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] Rcpp_0.10.1      boot_1.3-7       xtable_1.7-0     stringr_0.6.1   
[5] mi_0.09-18       arm_1.5-08       abind_1.4-0      R2WinBUGS_2.1-18
[9] coda_0.14-7      lme4_0.999999-0  Matrix_1.0-9     lattice_0.20-10 
[13] car_2.0-15       nnet_7.3-5       MASS_7.3-22      plyr_1.7.1      
[17] foreign_0.8-51  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.2   nlme_3.1-105  stats4_2.15.2 tools_2.15.2

版本的编译器

> gcc -v
gcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00)
> gfortran -v
Using built-in specs.
Target: i686-apple-darwin8
Configured with: /Builds/unix/gcc/gcc-4.2/configure --prefix=/usr/local --mandir=/share/man --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --build=i686-apple-darwin8 --host=i686-apple-darwin8 --target=i686-apple-darwin8 --enable-languages=fortran
Thread model: posix
gcc version 4.2.3

Answer 1

不知何故，我最终在libstdc++.6.dylib中找到了/usr/local/lib的版本。当我使用Rcpp或内联编译某些代码并产生错误时，将获取此版本。它似乎覆盖了/usr/lib中的系统版本。目前，我刚刚将/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib重命名为.../libstdc++.6-SAVE。我不确定这是否会产生其他问题，但Rcpp再次运行，?cfunction示例也有效！

编辑：它实际上仍然搞砸了。以下是解决当前R会话问题的步骤。 1）在/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib未更改的情况下启动R，2）重命名/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib，3）愉快地使用Rcpp。但是，当我现在重新启动R时，我仍然收到旧的错误消息。我必须再次完成这三个步骤才能使它在当前的R会话中运行。

编译任何代码时出现Rcpp错误消息：`dyn.load中的错误（context $ dynlibPath）：无法加载共享对象'... sourceCpp_96369.so'`

1 个答案: