将作业数组索引作为参数传递给drmaa-python

时间:2016-03-22 17:23:58

标签: python lsf drmaa

我正在使用lsf-drmaa实现并通过drmaa-python进行连接。我通常将环境变量$ LSB_JOBINDEX作为参数传入我的run.sh脚本。通过drmaa-python,我创建了JobTemplate jt并希望将其作为参数传递。我尝试过使用PARAMETRIC_INDEX,但此命令对我不起作用:jt.args = [str(drmaa.JobTemplate.PARAMETRIC_INDEX)]

我收到以下错误:

W #29c0 [  1227.22]  * '$drmaa_incr_ph$' can not be expanded in '$drmaa_incr_ph$'; removing from string

我哪里出错和/或如何使用其他方法传入索引?谢谢 -

1 个答案:

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您应该能够通过环境变量PARAMETRIC_INDEX引用(在运行脚本中)$SGE_TASK_ID的值。 qmaster 负责在提交相应作业时,在脚本中使用每个数组索引值扩展/填充$SGE_TASK_ID