如何在Python中跳过用panda读取空文件

时间:2016-03-21 14:28:18

标签: python pandas dataframe

我将一个文件夹中的所有文件逐个读入DataFrame,然后检查它们是否存在某些情况。有几千个文件,我想在文件为空时让pandas引发异常,这样我的读者功能就会跳过这个文件。

我有类似的东西:

class StructureReader(FileList):
    def __init__(self, dirname, filename):
        self.dirname=dirname
        self.filename=str(self.dirname+"/"+filename)
    def read(self):
        self.data = pd.read_csv(self.filename, header=None, sep = ",")
        if len(self.data)==0:
           raise ValueError
class Run(object):
    def __init__(self, dirname):
        self.dirname=dirname
        self.file__list=FileList(dirname)
        self.result=Result()
    def run(self):
        for k in self.file__list.file_list[:]:
            self.b=StructureReader(self.dirname, k)
            try:
                self.b.read()
                self.b.find_interesting_bonds(self.result)
                self.b.find_same_direction_chain(self.result)
            except ValueError:
                pass

我正在搜索某些条件的常规文件如下:

"A/C/24","A/G/14","WW_cis",,
"B/C/24","A/G/15","WW_cis",,
"C/C/24","A/F/11","WW_cis",,
"d/C/24","A/G/12","WW_cis",,

但不知怎的,我不会引发ValueError,我的函数正在搜索空文件,这在我的结果文件中给了我很多“Empty DataFrame ...”行。如何让程序跳过空文件?

4 个答案:

答案 0 :(得分:6)

我首先检查文件是否为空,如果它不是空的,我将尝试将其与pandas一起使用。 在这里:https://stackoverflow.com/a/15924160/5088142您可以找到一种很好的方法来检查文件是否为空:

import os
def is_non_zero_file(fpath):  
    return True if os.path.isfile(fpath) and os.path.getsize(fpath) > 0 else False

答案 1 :(得分:3)

你不应该使用pandas,而是直接使用python库。答案是:python how to check file empty or not

答案 2 :(得分:1)

您可以使用以下代码完成工作,只需将CSV路径添加到路径变量,然后运行即可。你应该得到一个对象 raw_data 这是一个Pandas数据帧。

 float proportionalHeight = getScreenWidth(yourViewHeight.getHeight(), yourViewWidth.getWidth());

                    if (proportionalHeight > 380) {
                        proportionalHeight = 380;
                    }

                    float px = TypedValue.applyDimension(TypedValue.COMPLEX_UNIT_DIP, proportionalHeight, resources.getDisplayMetrics());
                    RelativeLayout.LayoutParams params = new RelativeLayout.LayoutParams(ViewGroup.LayoutParams.MATCH_PARENT, (int) px);
                    yourMainView.setLayoutParams(params);


private float getScreenWidth(int height, int width) {

            Configuration configuration = getActivity().getResources().getConfiguration();
            float screenWidthDp = configuration.screenWidthDp;
            float check = (float) height / width;
            Log.e("TAG", "getScreenWidth: " + screenWidthDp);
            Log.e("TAG", "return: " + check * screenWidthDp);
            return check * screenWidthDp;
        }

答案 3 :(得分:1)

关于

files = glob.glob('*.csv')
files = list(filter(lambda file: os.stat(file).st_size > 0, files))
data = pd.read_csv(files)