Question

我需要生成一个长度在5-15之间的所有可能核苷酸组合的列表。

nucleotides = ['A', 'T', 'G', 'C']

预期结果：

AAAAA
AAAAT
AAAAC
AAAAG
AAATA
AAATT
...
AAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAT
etc.

我试过了：

for i in range(5,16):
    for j in itertools.permutations(nucleotides, i):
        print j

但如果len(nucleotides) < i，这不起作用。

提前致谢！

Answer 1

如果您想查找所有组合，则应使用.product()，因为.permutations()无论如何都不会产生重复的核苷酸，如AAAAA或AATGC。试试这个：

for i in range(5, 16):
    combinations = itertools.product(*itertools.repeat(nucleotides, i))
    for j in combinations:
        print(j)

更新：正如@JaredGoguen所提到的，repeat参数也可以在这里使用：

combinations = itertools.product(nucleotides, repeat=i)

Answer 2

您可以生成的另一种方法是使用允许重复的combinations_with_replacement()：

import itertools

result=set()
nucleotides = ['A', 'T', 'G', 'C']
for i in range(5,16):
    for j in itertools.combinations_with_replacement(nucleotides, i):
        print(''.join(j))

然后您可以进一步置换它们以获得所有这些变体：

import itertools

result=set()
nucleotides = ['A', 'T', 'G', 'C']
for i in range(5,16):
    for j in itertools.combinations_with_replacement(nucleotides, i):
        for k in itertools.permutations(j):
            result.add(''.join(k))
for i in result:
    print(i)

Answer 3

为了增加塞尔丘克的答案，这里有一个产生可迭代的单行。

from itertools import chain, product

chain(product(nucleotides, repeat=i) for i in range(5, 16))

在范围（i，j）之间生成核苷酸k聚体的所有组合

3 个答案: