热图中对角线的颜色

Question

我正在尝试使用以下代码解释我创建的热图：

csv <- read.csv("test.csv")
aggdata <-aggregate(csv[-1], list(csv[[1]]), sum)
row.names(aggdata) <- aggdata$Group.1
aggdata[["Group.1"]] = NULL
aggdata_matrix <- as.matrix(aggdata)
cor.mat <- cor(t(aggdata_matrix)) 
heatmap(cor.mat, Rowv=NA, Colv=NA)

对角线表示聚合组之间的相似性。所以例如运动应该与运动相同，因此是白色的。政治和历史也是如此 但是，我不明白，为什么这不是艺术的情况。正如您在左角所看到的，矩形与剩余对角线的颜色不同。

为什么会这样？

这是我的示例数据：

doc1,word1,word2,word3,word4,word5,word6,word7,word8,word9,word10
POLITICS,8,1,3,8,5,0,0,3,4,4
SPORTS,4,5,3,4,2,5,3,3,0,7
HISTORY,3,0,4,3,0,3,8,3,3,1
SPORTS,5,7,3,8,6,4,5,6,3,4
ART,5,4,3,0,7,7,6,2,6,6
POLITICS,2,2,5,5,6,2,0,2,2,6
SPORTS,4,0,6,8,6,7,8,0,8,7
HISTORY,1,7,5,0,1,4,2,1,1,7
ART,0,8,3,3,8,6,3,1,3,6
SPORTS,6,7,3,2,6,7,2,1,1,7
POLITICS,8,0,2,7,0,2,6,5,3,1
POLITICS,7,0,4,2,0,3,8,1,1,3

Answer 1

问题 - 可以通过执行heatmap（首先发出命令debug(heatmap)）快速找到 - 是代码默认情况下标准化了行。通过将scale="none"作为参数包含在heatmap中来关闭此不需要的行为。