如何从Python创建Gephi网络图？

Question

我刚刚发现了GephiStreamer。 https://pypi.python.org/pypi/GephiStreamer

使用这个包可以将指令从python发送到Gephi，在Gephi中创建节点和边缘。

# Create a node with a custom_property
node_a = graph.Node("A",custom_property=1)

# Create edge 
edge_ab = graph.Edge(node_a,node_b,custom_property="hello")
stream.add_edge(edge_ab)

同样地，我想通过Python在Gephi中做所有事情。这就是我通常做的事情。

例如：

步骤进行：

1. 加载节点

2. 加载边缘

3. 计算好中心

4. 根据中心分数更改节点的大小/颜色

5. 更改图表布局（例如forceatlas2）

6. 给出输出图

下面是我手动输出的内容，但我希望通过从python向Gephi发送指令来生成相同的内容。文档除了创建节点，边和图之外没有任何说明。

我也发现了NetworKit。 https://networkit.iti.kit.edu/data/uploads/docs/NetworKit-Doc/python/html/gephi.html

这比gephistramer略好，但这需要python 3.4或更高版本，大多数软件包如pandas，numpy或sickit都在2.7。

还有办法将我在gephi中创建的文件发送回python。

请建议。

PS：我已经编辑了整个问题的详细信息，以便现在更容易理解（希望如此）。

Answer 1

我在寻找答案时发现了这个问题。我选择了Gephi作为我的可视化工具，然后想要通过Python从我的组织周围提取数据来构建一个得到工具支持的图形。

我找到了GephiStreamer，它看起来是一种从外部python环境（命令行或IDE）在Gephi中构建图形的简单而全面的方法

此时的其他选项是：

• The Gephi Python Scripting Console
• 可以在Gephi readable format中导出的任何图表库
  • NetworkX
  • python-igraph
  • graph-tool
• 任何python GEFX作家（Google“python GEFX”）

Answer 2

没有简单的答案。 Facebook小组的人可能知道一些事情，但IMO最好的方法是从jython调用Gephi toolkit，即可用的jar，检查here以获取示例用法。问题是jython不允许安装numpy和一系列其他库，但我想你可以通过将一个脚本的输出传递给另一个脚本或使用像Celery这样的队列来解决这个问题。

所以我会编写一个脚本，让我们称它为graph_construction.py，使用networkx，构造图形，然后将其写入gexf的标准输出中。然后我会编写第二个脚本，gephi.py，它将在gephi中执行，然后让图表将图形写入pdf，然后执行以下操作：

python graph_construction.py | jython gephi.py output.pdf

并祈求它发挥作用。