RStudio Server与Microsoft R open：环境变量缺失

Question

我在Amazon EC2上运行RStudio Server（0.99.879），最近更新到Microsoft R Open 3.2.3（以前称为Revolution R）。所有软件都在Ubuntu 14.04上运行。

由于我希望所有用户都能在所有shell会话中使用我的亚马逊访问密钥，因此我将其放在/etc/environment AWS_ACCESS_KEY=123中。

RStudio在用户rstudio下运行，我通过在RStudio中执行system("whoami")来检查。在切换到Microsoft R Open [MRO]之前，system("echo $AWS_ACCESS_KEY")（从RStudio执行）给出了正确的结果123。但现在它返回一个空字符串。

但是，如果我通过rstudio切换到控制台中的用户su - rstudio并从 shell 启动MRO，system("echo $AWS_ACCESS_KEY")会给出正确的结果，困惑我。

好像只有RStudio 一起与MRO一起使R忘记etc/environment中定义的环境变量。

你们知道这种奇怪行为的原因是什么？有关可能修复的指示吗？

我真的希望将密钥保存在一个地方（/etc/environment）并且绝对不会在我的R代码中硬编码。我能想到的一个解决方法是从R中读取/etc/environment，提取AWS_ACCESS_KEY并通过Sys.setenv()进行设置。但这主要是一个黑客，我想了解真正的问题是什么......

BTW：也许我应该提一下，我必须将R start script R_HOME_DIR中的/usr/bin/R变量更改为R_HOME_DIR=/usr/lib64/MRO-3.2.3/R-3.2.3/lib/R，因为之前确定主目录的代码不起作用与MRO。

Answer 1

请记住，RStudio Server（开源版）不会在登录shell下运行用户会话，这一点非常重要。因此，当您su - rstudio时，您将获得在bash启动时初始化的shell变量。

值得庆幸的是，有一个非常简单的方法：符号链接R_HOME/etc/Renviron.site（请参阅R initialization）到/etc/environment。 R的环境文件格式与Linux相同（即KEY = VALUE），因此您可以为R和bash提供相同的环境初始化列表。