如何使用Auto threshold imagej插件获得正确的输出？

Question

我尝试了以下代码，在那里我从目录中读取图像并使用ImageJ Auto Threshold插件来分割我的图像。任何人都可以使用imagej程序轻松完成，如下所示：

1- Open an image.
2- Then Go to : image->Adjust->Auto Threshold.
3- From methods drop list: Select the mean method.
4- Pick the white object on the black background. 

我的问题是我无法从Matlab正确调用此插件。我的Matlab代码如下：

javaaddpath 'C:\Program Files\MATLAB\R2013b\java\mij.jar'
javaaddpath 'C:\Program Files\MATLAB\R2013b\java\ij.jar'
MIJ.start

MIJ.run('Open...', 'path=[E:\\sun\\Endothelium Project\\Endothelium Code\\MIJ Code\\ENDOTHELIAL IMAGES\\12.bmp]');

MIJ.run('Threshold...','setAutoThreshold=mean');
MIJ.run('setOption=BlackBackground');
MIJ.run('Convert to Mask');    
SegmentedImage = (VorImage);
figure, imshow(SegmentedImage);

Answer 1

自动阈值（在GUI示例中）是与阈值... （在Matlab代码中）不同的命令。如果使用命令定位器，则可以看到此信息（按L，然后搜索所需的阈值）。

所以我猜测语法和选项因具体类别而异。

我没有使用MIJ，但run()命令看起来与IJ宏语言中使用的命令类似。

当我在斐济使用宏录制器时，我得到以下内容：

图片＆gt;调整＆gt;阈值... 使用Mean方法，深色背景：

setAutoThreshold("Mean dark");

图片＆gt;调整＆gt;使用Mean方法的AutoThreshold ，未选中复选框：

run("Auto Threshold", "method=Mean");

也许其中一个会起作用。实际上，看起来暗背景是AutoThreshold命令中的默认值，所以也许你可以完全忽略该setOption。

有关阈值命令here的更多信息。