是否有Python Isomap模块接受距离矩阵以及原始向量？

Question

Isomap in well-known scikit-learn仅接受普通向量作为输入。但我只有一个距离矩阵。有没有其他Python模块处理这个？

Answer 1

Isomap是一个两步过程：

1a上。给定原始数据点，找到附近的邻居。 1B。当您只允许在邻近邻居之间跳跃时，根据点之间的距离计算距离矩阵D.

1. 在距离矩阵D上运行多维缩放。

注意： 1.如果您已有距离矩阵D，则可以跳到第2步。 多维缩放算法也在sklearn中： http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.manifold.MDS.html

1. 如果您将距离矩阵计算为原始点之间的欧几里德距离（而不是，例如，某些最短路径跳跃距离），那么MDS的输出将得到与PCA嵌入的相同的结果原点。

2. 如果你有欧几里德距离矩阵，但你想要Isomap嵌入而不是PCA嵌入，那么你需要做最近邻居和最短路径计算。这可能需要：

一个。对于每个点，找到k个最近点，并将所有其他点的距离设置为无穷大，以创建新的矩阵D＆＃39;。 湾运行Dijkstra在D＆＃39;上的所有对最短路径。 C。在D＆＃39;上运行MDS。

祝你好运！