使用clmm随机因素。输出?

时间:2016-02-18 15:50:53

标签: r anova ordinal

我有一个来自不同人群(Pop_ID)的树的数据集,我根据不同时刻(Score)的叶子衰老(Date)得分。 我想使用Gen_ID(基因型)作为随机因子的序数数据的混合模型。我使用序数包。

fit=clmm(Score~Date*Pop_ID+ (1|Gen_ID), data=subset)

以下是我的数据:

ID2 Gen_ID  Pop_Id    Country    Score Datum Date
1   2  FR213    FR2    France         2 23okt      1
2   4  PO148    PO2    Poland         3 23okt      1
3   5  FR218    FR6    France         2 23okt      1
4   6   NE91    NE4 The Netherlands   2 23okt      1
5   8   FR21    FR1    France         2 23okt      1
6   9    D68    DU2    Germany        2 23okt      1

我不明白clmm使用的不同选项,例如链接或阈值。

我也不确定如何阅读输出。我想做anova但我得到以下错误:

  

(函数(对象,...)中的错误:anova未实现   单个“clm”对象

Anova(fit)也给了我一个错误:

  

vcov.clm中的错误(object,method =“Cholesky”):无法计算vcov:   Hessian不是肯定的

我想使用lsmeans,但我不知道如何

lsmeans(fit,~Datum2,mode="linear.predictor")

但是这给了我以下错误

  

vcov.clm中的错误(object,method =“Cholesky”):无法计算vcov:   Hessian不是肯定的

我该如何解决这个问题?

您何时会在模型中使用Hess = T?

我很感激帮助。谢谢!

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