我有一个来自不同人群(Pop_ID
)的树的数据集,我根据不同时刻(Score
)的叶子衰老(Date
)得分。
我想使用Gen_ID(基因型)作为随机因子的序数数据的混合模型。我使用序数包。
fit=clmm(Score~Date*Pop_ID+ (1|Gen_ID), data=subset)
以下是我的数据:
ID2 Gen_ID Pop_Id Country Score Datum Date 1 2 FR213 FR2 France 2 23okt 1 2 4 PO148 PO2 Poland 3 23okt 1 3 5 FR218 FR6 France 2 23okt 1 4 6 NE91 NE4 The Netherlands 2 23okt 1 5 8 FR21 FR1 France 2 23okt 1 6 9 D68 DU2 Germany 2 23okt 1
我不明白clmm使用的不同选项,例如链接或阈值。
我也不确定如何阅读输出。我想做anova但我得到以下错误:
(函数(对象,...)中的错误:anova未实现 单个“clm”对象
Anova(fit)也给了我一个错误:
vcov.clm中的错误(object,method =“Cholesky”):无法计算vcov: Hessian不是肯定的
我想使用lsmeans,但我不知道如何
lsmeans(fit,~Datum2,mode="linear.predictor")
但是这给了我以下错误
vcov.clm中的错误(object,method =“Cholesky”):无法计算vcov: Hessian不是肯定的
我该如何解决这个问题?
您何时会在模型中使用Hess = T?
我很感激帮助。谢谢!