如何从Bioperl中的数据库中检索多个序列?

时间:2016-02-18 07:55:01

标签: perl bioperl

我已经通过ppm安装了Bioperl1.6并将.pl文件放在我localhost的cgi-bin文件夹中。当我通过网址运行时 http://localhost/cgi-bin/bio2.pl 它说"内部服务器错误"

如果在CGI或.pl中运行任何bioperl文件,它会抱怨内部服务器错误。

 #!C:/Perl64/bin/perl.exe

use Bio::SeqIO;
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;

$query = "Arabidopsis[ORGN] AND topoisomerase[TITL] and 0:3000[SLEN]";
$query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db    => 'nucleotide',  -query => $query );

$gb_obj = Bio::DB::GenBank->new;

$stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query($query_obj);

while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) {    
    # do something with the sequence object    
    print $seq_obj->display_id, "\t", $seq_obj->length, "\n";
}

如果我通过cmd运行此代码,那么就说genbank不能被发现了。

请指导我如何在perl cgi中运行bioperl。

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