如何在保留颜色和排序格式的同时用ggplot将图形分成子图?

时间:2016-02-15 06:08:51

标签: r ggplot2 categories graph-coloring

该图的简要概述:

  1. 每个基因都有一个bin,它已被插入至少一个群体的基因组中。
  2. 人口中有四个谱系,插入的分布(以及它们在该谱系中的频率)是图表应该传达的内容。
  3. 每个bin的高度代表在bin对应的基因中插入的生物的小数部分。
  4. 每个基因属于一个功能类别,由bin颜色和图例表示。
  5. 我的问题:我无法弄清楚如何将箱子集合分成4个子图 - 一个对应于每个谱系 - 同时保持着色和组织(所有颜色在一起并且在每个谱系子图中以相同的顺序排列) )。

    以下是我的数据的说明性子集:

    Lineage Genes   Category    V3
    EAS EAS1    cell wall and cell processes    0.1071428571
    EAS EAS2    conserved hypotheticals 0.1071428571
    EAS EAS3    PE/PPE  0.0357142857
    EAS EAS4    lipid metabolism    0.0357142857
    EAS EAS5    lipid metabolism    0.0357142857
    EAS EAS6    conserved hypotheticals 0.0357142857
    EAS EAS7    conserved hypotheticals 0.0357142857
    EAS EAS8    conserved hypotheticals 0.0357142857
    EAI EAI3    PE/PPE  .111
    EAI EAI4    PE/PPE  .111
    EAI EAI5    conserved hypotheticals .111
    EAI EAI6    intermediary metabolism and respiration .111
    EAI EAI7    cell wall and cell processes    .222
    EAI EAI8    intermediary metabolism and respiration .111
    EAI EAI9    conserved hypotheticals .111
    IO  IO1 information pathways    0.1666666667
    IO  IO2 virulence, detoxification, adaptation   0.1666666667
    IO  IO3 conserved hypotheticals 0.1666666667
    IO  IO4 cell wall and cell processes    0.3333333333
    IO  IO5 PE/PPE  0.3333333333
    IO  IO6 intermediary metabolism and respiration 0.1666666667
    IO  IO7 PE/PPE  0.1666666667
    IO  IO8 PE/PPE  0.1666666667
    IO  IO9 insertion seqs and phages   0.3333333333
    EAM EAM1    insertion seqs and phages   0.2727272727
    EAM EAM2    cell wall and cell processes    0.0454545455
    EAM EAM3    lipid metabolism    0.0454545455
    EAM EAM4    conserved hypotheticals 0.0454545455
    

    我运行的代码用于生成当前图表:

    # Loading in my data
    PanppData <- read.table("Allpp", header = TRUE, sep = "\t")
    
    # Making ordering depend on category
    PanppData$Genes <- factor(PanppData$Genes, levels=PanppData$Genes[order(PanppData$Category)]) # Making ordering depend on Category
    
    # Generating the Graph
    ggplot(PanppData, aes(x=Genes, V3)) +    
    geom_bar(aes(fill=Category),
             stat="identity",
             colour="white",
             position= "dodge") +
    ggtitle("EAS            EAI               IO            EAM") +
    labs(x="Genes",y="Decimal Fraction of Isolates") 
    

    我希望图表能够保持其顺序和着色,但是要分成四个子图 - 每个谱系一个子图 - 每个子图包含该谱系内所有基因的区域。

    我尝试使用融化但没有成功。

    我只用了几个星期的R,并且已经在这个图表上工作了两位数,为即将召开的会议做准备。非常感谢任何帮助或指导!!

    Current Graph

    我希望我的问题很明确。这是我第一次向Stackoverflow发帖提问,所以如果我能做任何事情让我的问题更加清晰,有用等,请告诉我。

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