How do I generate a histogram for each column of my table?

Question

I have a table of data with a column representing a lab value for each study subject (rows).

I want to generate a series of histograms showing the distribution of values for each lab test (i.e. column). Each set of lab values would ideally have a different bin width (some are integers with a range of hundreds, some are numeric with a range of 2-3).

How do I do that?

Answer 1

如果您合并tidyr和ggplot2个包，则可以使用facet_wrap为data.frame中的每个变量制作一组快速直方图。

您需要使用tidyr::gather将数据重新整形为长格式，这样您就可以拥有key和value列：

library(tidyr)
library(ggplot2)
# or `library(tidyverse)`

mtcars %>% gather() %>% head()
#>   key value
#> 1 mpg  21.0
#> 2 mpg  21.0
#> 3 mpg  22.8
#> 4 mpg  21.4
#> 5 mpg  18.7
#> 6 mpg  18.1

将此作为我们的数据，我们可以将value映射为x变量，并使用facet_wrap将key列分隔开来：

ggplot(gather(mtcars), aes(value)) + 
    geom_histogram(bins = 10) + 
    facet_wrap(~key, scales = 'free_x')

除非您的数据具有相似的比例，否则scales = 'free_x'是必要的。

您可以将bins = 10替换为评估为数字的任何内容，这可能允许您通过一些创造力单独设置它们。或者，您可以设置binwidth，这可能更实用，具体取决于您的数据。无论如何，装箱将需要一些技巧。

Answer 2

如果您的数据框名为“df”并且您想要生成从第2列开始的直方图（如果第1列是您的ID），您可以在for循环中生成类似这样的图：

for (col in 2:ncol(df)) {
    hist(df[,col])
}

hist函数自动计算合理的bin宽度，或者你可以通过添加breaks参数为所有直方图指定固定数量的bin：

hist(df[,col], breaks=10)

如果您使用RStudio，您的所有绘图将自动保存在绘图窗格中。如果没有，您需要将每个绘图保存到循环内的单独文件中，如下所述：http://www.r-bloggers.com/automatically-save-your-plots-to-a-folder/

Answer 3

我刚遇到multi.hist() function from the psych package。它使您可以按特定列快速绘制直方图，并且看起来可以为每列设置不同的中断。