dplyr掩盖GGally并打破ggparcoord

Question

鉴于新的会议， 执行函数文档中提供的小型 ggparcoord（。）示例

library(GGally)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = diamonds.samp, columns = c(1, 5:10))

结果如下：

再次，从一个新的会话开始并使用加载的 dplyr

执行相同的脚本

library(GGally)
library(dplyr)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = diamonds.samp, columns = c(1, 5:10))

结果：

  

错误:( list）对象无法强制输入'double'

请注意，库（。）语句的顺序不很重要。

问题

1. 代码示例有问题吗？
2. 有没有办法克服这个问题（通过某些命名空间函数）？
3. 或者这是一个错误吗？

我需要更大的分析中的 dplyr 和 ggparcoord（。），但这个最小的例子反映了我面临的问题。

版本

• R @ 3.2.3
• dplyr @ 0.4.3
• GGally @ 1.0.1
• ggplot @ 2.0.0

更新

将Joran给出的优秀答案包括起来：

答案

1. 代码示例实际上是错误的，因为 ggparcoord（。）期望 data.frame 而不是 tbl_df 由钻石数据给出set（如果加载了dplyr）。
2. 通过将 tbl_df 强制转换为 data.frame 来解决问题。
3. 不，这不是一个错误。

工作代码示例：

library(GGally)
library(dplyr)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = as.data.frame(diamonds.samp), columns = c(1, 5:10))

Answer 1

将我的评论转换为答案......

这里的GGally包正在合理地假设在数据框上使用[应该按照它始终如一的方式运行。但是，这一切都在Hadley-verse中，diamonds数据集是tbl_df以及data.frame。

加载 dplyr 时，会覆盖[的行为，因此drop = FALSE始终是tbl_df的默认行为。所以在 GGally 中有一个位置，其中data[,"cut"]应该返回一个向量，而是返回另一个数据框。

...具体而言，在尝试执行时，您的示例中会抛出错误：

data[, fact.var] <- as.numeric(data[, fact.var]). 

由于data[,fact.var]仍然是数据框，因此列表，as.numeric将不起作用。

至于你的结论，这不是一个错误，我会说....也许。大概。至少可能没有 GGally 包作者应该做的任何事情来解决它。你必须要知道，使用非{Hadley书面包的tbl_df可能会破坏事物。

如您所述，删除额外的类属性可以解决问题，因为它使用普通的[方法返回R。

Answer 2

解决方法：强制您将ggparcoord的数据强制转换为as.data.table(...)或as.data.table(... , keep.rownames=TRUE)，除非您想丢失所有的rownames。

原因：根据@joran的调查，加载dplyr时，tbl_df会覆盖[，因此drop = FALSE。

解决方案：在GGally上提交拉取请求。