Question

我有一些使用numpy和R的C代码。在Windows上，它使用MSVC编译为.dll，可以从R动态加载并传递所有测试。但是，我无法在Debian上运行。

为了研究这个问题，我创建了以下最小例子：

#include <Python.h>
#include <Rinternals.h>
#include <numpy/arrayobject.h>

SEXP main() {
   Py_Initialize();
   import_array();

   SEXP one = PROTECT(allocVector(INTSXP, 1));
   INTEGER(one)[0] = 1;
   npy_intp dims[1] = {1};
   int data[1] = {1};
   PyObject *another = PyArray_SimpleNewFromData(1, dims, NPY_INT, data);

   Rprintf("Hello, %d ", INTEGER(one)[0] + *(int*)PyArray_DATA(another));
   PyRun_SimpleString("print('worlds')");

   UNPROTECT(1);
   return one;
}

我可以用它编译它

cl /I "C:\Program Files\R\R-3.2.0\include" /I "C:\Python34\include" /I "C:\Python34\Lib\site-packages\numpy\core\include" /c hello.c
link /dll /export:main hello.obj Rdll.lib C:/Python34/libs/python34.lib

其中Rdll.lib是从%R_HOME%\bin\x64\R.dll创建的

pexports R.dll > R.exp
link /lib /def:R.exp /machine:x64 /out:Rdll.lib

然后可以从R使用它：

> dyn.load(paste0("hello", .Platform$dynlib.ext))
> .Call("main")
Hello, 2 worlds
[1] 1

然而，当我在Debian上编译它时

gcc -shared -fPIC -I/usr/share/R/include -I/usr/include/python2.6 -lpython2.6 -L/usr/lib64/R/lib -lR hello.c -o hello.so

并从R导入它，发生以下情况：

> dyn.load("hello.so")
> .Call("main")
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/__init__.py", line 132, in <module>
    import add_newdocs
  File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
    from type_check import *
  File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
    import multiarray
ImportError: /usr/lib/pymodules/python2.6/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: _Py_ZeroStruct

 *** caught segfault ***
address 0x4, cause 'memory not mapped'

除非注释掉与numpy相关的所有内容，否则会产生分段错误。与来自R的纯Python交互似乎没问题。但是只要调用import_array()就会出现段错误。我在绝望中添加了-I/usr/share/pyshared/numpy/core/include/，并没有改变任何内容。

最后，如果我编译以下（类似于之前的，但略有改动的）代码

#include <Python.h>
#include <Rinternals.h>
#include <numpy/arrayobject.h>

int main() {
   char *localArgs[] = {"R", "--silent"};
   Rf_initEmbeddedR(2, localArgs);
   Py_Initialize();
   import_array();

   SEXP one = PROTECT(allocVector(INTSXP, 1));
   INTEGER(one)[0] = 1;
   npy_intp dims[1] = {1};
   int data[1] = {1};
   PyObject *another = PyArray_SimpleNewFromData(1, dims, NPY_INT, data);

   Rprintf("Hello, %d ", INTEGER(one)[0] + *(int*)PyArray_DATA(another));
   PyRun_SimpleString("print('worlds')");

   UNPROTECT(1);
}

在同一个Debian机器上

 gcc -I/usr/share/R/include -I/usr/include/python2.6 -lpython2.6 -L/usr/lib64/R/lib -lR hello.c -o hello

并调用它

LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib R_HOME=/usr/lib64/R ./hello

它突然没有崩溃，效果很好并产生“你好，2个世界”，正如预期的那样。

版本是： Windows：编译器版本19.00.23506 for x64，Python 3.4.4，numpy 1.9.3，R 3.2.0 Debian：gcc版本4.4.5（目标：x68_64-linux-gnu），Python 2.6.6，numpy 1.4.1，R 3.2.1

我做错了什么？

更新：使用gcc和clang在Python 3.2和Python 2.7上测试Ubuntu。问题依然存在。

Answer 1

一个有效的解决方案（使用此示例以及实际代码）是使用dlopen加载libpythonX.Y.so：

 #include <Python.h>
 #include <Rinternals.h>
 #include <numpy/arrayobject.h>

 #ifndef _WIN32
 #include <dlfcn.h>
 #endif

 SEXP main() {
 #ifndef _WIN32
    dlopen("libpython2.6.so", RTLD_NOW | RTLD_GLOBAL);
 #endif
    Py_Initialize();
    import_array();

    SEXP one = PROTECT(allocVector(INTSXP, 1));
    INTEGER(one)[0] = 1;
    npy_intp dims[1] = {1};
    int data[1] = {1};
    PyObject *another = PyArray_SimpleNewFromData(1, dims, NPY_INT, data);

    Rprintf("Hello, %d ", INTEGER(one)[0] + *(int*)PyArray_DATA(another));
    PyRun_SimpleString("print('worlds')");

    UNPROTECT(1);
    return one;
}

但是，我并不完全理解为什么需要它。

编译在Linux

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