Question

我正在尝试使用R＆amp; S来学习生物信息学分析。我自己生物导体，但在早期的步骤，我坚持！我试图从NCBI下载GSE数据并按照我在youtube中找到的一些命令，但你可以看到错误信息如下：

# First Step:
library(GEOquery) 
Error in library(GEOquery) : there is no package called ‘GEOquery’

# Second step:
require(GEOquery) 
Loading required package: 
GEOquery Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :   
  there is no package called ‘GEOquery’ 
library(GEOquery) 
Error in library(GEOquery) : there is no package called ‘GEOquery’ 

# Third step:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    
  cannot open the connection 
In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : unsupported URL scheme

# Forth step:
biocLite("GEOquery") 
Error: could not find function "biocLite"

Answer 1

好像你还没有安装包。首先，你应该做install.packages("GEOquery")。

对于你的第3步，我不确定https://bioconductor.org/biocLite.R是否是在线发布的R脚本或者是什么，我试图打开但它说无法找到。我假设您希望在此处运行R脚本，因为您使用了source()。如果您有R脚本，请将其保存到您的目录，因此获取目录路径并将其放在source()中，然后您可以成功运行它。

然后，对于您的第四步，这是因为您没有正确运行biocLite.R，该功能没有保存到环境中，这就是它失败并给您错误的原因。

总的来说，你遇到了两个主要问题：1。你没有下载软件包（导致第1和第2步失败）2。source()中的参数错误，导致第3和第4失败。

希望这有帮助。

Answer 2

biocLite（）是Bioconductor包中的函数。要使用它，您需要先安装Bioconductor。

从NCBI下载GEO数据到R

2 个答案: