如何将从NCBI下载的序列限制为仅公开数据?

时间:2019-06-13 22:12:00

标签: download fasta ncbi

我想从NCBI下载28S参考序列,以便对我的数据进行分类识别。我知道我需要使用“ Entrez ESearch”来下载数据。但是,我找不到将下载的数据限制为过去发布的序列的方法。我要排除的序列的元数据在“日记帐”行中具有标签“未发布”。我尝试了这样的命令,但是没有用:

esearch -db nuccore -query "28S AND ulva [ORGN]" | efilter -query "NOT Unpublished [JOUR]" | efetch -format fasta

我的命令的输出包含未发布的序列。最终输出应仅包含过去在科学期刊上发表过的FASTA序列

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