Question

我想将中值样条和相应的置信区间带添加到ggplot2散点图。我正在使用'quantreg'-package，更具体地说是rqss函数（Additive Quantile Regression Smoothing）。

在ggplot2我能够添加中位样条曲线，但不能增加置信区间带：

fig = ggplot(dd, aes(y = MeanEst, x = N, colour = factor(polarization)))
fig + stat_quantile(quantiles=0.5, formula = y ~ qss(x), method = "rqss") +
  geom_point()

quantreg - 包附带自己的绘图功能; plot.rqss。我可以在哪里添加置信区间（bands=TRUE）：

plot(1, type="n", xlab="", ylab="", xlim=c(2, 12), ylim=c(-3, 0)) # empty plot
plotfigs = function(df) {
  rqss_model = rqss(df$MeanEst ~ qss(df$N))
  plot(rqss_model, bands=TRUE, add=TRUE, rug=FALSE, jit=FALSE)
  return(NULL)
}
figures = lapply(split(dd, as.factor(dd$polarization)), plotfigs)

然而，quantreg - 包附带的绘图功能不是非常灵活/非常适合我的需要。是否有可能在ggplot2情节中获得置信区间？也许通过模仿quantreg - 包中使用的方法，或者只是从图中复制它们？

数据：pastebin。

Answer 1

你几乎拥有它。当你打电话

 plot(rqss_model, bands=TRUE, add=TRUE, rug=FALSE, jit=FALSE)

该功能非常有用地返回绘制的数据。我们所做的就是抓住数据框。首先对您的函数进行一次小调整，以合理的方式返回数据

plotfigs = function(df) {
  rqss_model = rqss(df$MeanEst ~ qss(df$N))
  band = plot(rqss_model, bands=TRUE, add=TRUE, rug=FALSE, jit=FALSE)
  data.frame(x=band[[1]]$x, low=band[[1]]$blo, high=band[[1]]$bhi, 
             pol=unique(df$polarization))
}

接下来调用该函数并压缩

figures = lapply(split(dd, as.factor(dd$polarization)), plotfigs)
bands = Reduce("rbind", figures)

然后使用geom_ribbon绘制

## We inherit y and color, so have to set them to NULL
fig + geom_ribbon(data=bands, 
                  aes(x=x, ymin=low, ymax=high, 
                  y=NULL, color=NULL, group=factor(pol)), 
                  alpha=0.3)

使用stat_quantile时ggplot2中的置信区间带？

1 个答案: