自动执行bgzip和tabix命令

Question

我有大量扩展名为term的文件。

对于我想要应用这些命令的每个文件：

.vcf

我已经能够自动化第一行了，但是当谈到第二行时，我不确定如何继续。

bgzip -c file.vcf > file.vcf.gz
tabix -p vcf file.vcf.gz

第二行似乎不是这样的：

for i in $(ls); do gzip -c $i  > "${i}.gz"; done

Answer 1

你为什么不这样做？

for i in *; do gzip -c "$i"  > "${i}.gz"; tabix -p vcf "${i}.gz"; done

请注意正确引用第一个$i和avoiding ls。

Answer 2

试试这个

find -name '*.vcf' -exec gzip {} \; -exec tabix -p vcf {}.gz \;