Question

我是R语言的新手，但我正在使用最双层的Bicluster分析包。在网上搜索信息之后，我可以运行一些双聚类算法，但我无法访问结果信息。

例如，运行后

> library("biclust") 
> data(BicatYeast)
> x<-discretize(BicatYeast)                                                    
> Xmotif <- biclust(x, method=BCXmotifs(), number=50, alpha=0.5, nd=20, ns=20, sd=5)

变量 Xmotif 是Biclust类的一个对象，它包含了所产生的bicluster。但是，当我在控制台中打印时，变量 Xmotif R只向我展示了关于5个如下双筒望远镜的简短信息：

> Xmotif
An objects of class Biclust

call:
       biclust(x, method=BCXmotifs(), number=50, alpha=0.5, nd=20, ns=20, sd=5)

Number of Clusters found: 50
First  5  Cluster sizes:
                   BC 1 BC 2 BC 3 BC 4 BC 5
Number of Rows:       3    4    3    5    3
Number of Columns:   47   44   41   38   46

然后，我怎样才能获得有关发现的50个双聚类的所有信息？

Answer 1

解决方案是使用内置函数writeBiclusterResults()。

library("biclust") 
data(BicatYeast)
x<-discretize(BicatYeast)                                                    
Xmotif <- biclust(x, method=BCXmotifs(), number=50, alpha=0.5, nd=20, ns=20, sd=5)  

writeBiclusterResults("results.txt", Xmotif,"CC with delta 1.5", dimnames(BicatYeast)[1][[1]], dimnames(BicatYeast)[2][[1]])

理解R中的Biclust类

1 个答案: