Question

我正在运行一个微生物预测功能分析脚本并出现这个奇怪的错误。这是我的代码：

file <- "HMP_0.97_table.txt"
QIIMESingleData <- importQIIMEData(file)
folderReferenceData <- "~/SILVA119/"
Tax4FunOutput <- Tax4Fun(QIIMESingleData, folderReferenceData, fctProfiling = TRUE, refProfile = "UProC", shortReadMode = TRUE, normCopyNo = TRUE)

gzfile（文件，“rb”）出错：无法打开连接另外：警告信息：在gzfile（文件，“rb”）中：无法打开压缩文件'/Users/person/SILVA119/KEGGBacArchTaxInformationMoPPro.RData'，可能的原因'没有这样的文件或目录'

我用getwd检查我的工作目录，它说

getwd()
[1] "/Users/person/Downloads/Tax4FunData/SILVA119"

文件夹中的所有文件均未压缩。我还注意到当我尝试打开Rdata文件时，R Studio给出了以下错误：

load("/Users/person/Downloads/Tax4FunData/SILVA119/PathwayAbundancesKEGGBacArch.RData")

错误：恢复文件幻数错误（文件可能已损坏） - 未加载数据另外：警告信息：文件'PathwayAbundancesKEGGBacArch.RData'有幻数'X' 不推荐使用2之前的保存版本

所以我真的不确定如何继续这里。这是会话数据：

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.9.5 (Mavericks)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] Tax4Fun_0.3.1 biom_0.3.12   qiimer_0.9.2  Matrix_1.2-2 

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.2-6   scales_0.3.0       plyr_1.8.3        
 [4] tools_3.2.2        gtable_0.1.2       RColorBrewer_1.1-2
 [7] Rcpp_0.12.2        RJSONIO_1.3-0      grid_3.2.2        
[10] munsell_0.4.2      lattice_0.20-33    pheatmap_1.0.7    
>

Answer 1

这是一个非常不稳定的包。以下对我来说非常合适，但你真的需要查看其他SO问题，看看最小的可重复示例是什么样的（如果你没有显示出一些最小的努力，你的下一个SO问题就不太可能得到答案）：

devtools::install_url("http://tax4fun.gobics.de/Tax4Fun/Tax4Fun_0.3.1.tar.gz")

library(Tax4Fun)

download.file("http://tax4fun.gobics.de/Tax4Fun/ReferenceData/SILVA119.zip", "SILVA119.zip")
unzip("SILVA119.zip")

download.file("http://tax4fun.gobics.de/QIIME/HMP_0.97_table.txt", "HMP_0.97_table.txt")
file <- "HMP_0.97_table.txt"

QIIMESingleData <- importQIIMEData(file)

 # SO is my dir for SO answer work

folderReferenceData <- "~/SO/SILVA119/"
Tax4FunOutput <- Tax4Fun(QIIMESingleData, folderReferenceData, fctProfiling = TRUE, refProfile = "UProC", shortReadMode = TRUE, normCopyNo = TRUE)

Tax4Fun ... gzfile中的错误（文件，“wb”）：无法打开连接或压缩文件

1 个答案: