Question

我在R中有一个矩阵，例如：

mat <- matrix(round(runif(n=30^2, min=0, max=1),2), nrow=30, ncol=30)

我的目标是根据细胞中的值为该基质的细胞着色。值是数字，而不是因素。例如：我喜欢将0.4到0.6之间的所有值着色，如果可能的话，这些值仍会显示在单元格中。我喜欢将矩阵保存为图像 - 目的是乍一看哪些细胞是红色的。这个问题的解决方案不仅应该允许一种颜色：稍后说0到0.2之间的值是绿色，或者额外的值介于0.8和1之间的黑色等等可能会有用。

我尝试了以下事项：

Conditional coloring of cells in table

- ＆GT;给我一个热图，但我喜欢选择哪个值得到哪种颜色

How to color specific cells in a Data Frame / Table in R?

- ＆GT;给我一个HTML表格，但不是图像（我不能以我能看到整个表格的方式保存它）

http://www.phaget4.org/R/image_matrix.html

- ＆GT;与第一个链接相同的问题

你知道我怎么做到的吗？

Answer 1

以下是一个例子：

library(ggplot2)
library(reshape2)
ggplot(melt(mat), aes(Var1, Var2, fill=cut(value, seq(0, 1, .2)), label=round(value, 1))) + 
  geom_tile() + 
  scale_fill_manual(values=c("green", "white", "red", "white", "black")) + 
  geom_text(color="orange")

Answer 2

以下是使用heatmap.2（gplots）的示例：

library (gplots)
mat <- matrix(round(runif(n=30^2, min=0, max=1),2), nrow=30, ncol=30)
#Let's use a submatrix to play
minimat <- mat[1:5,1:5]

# Using cut to build a factor with the different groups
# and change it to 1 to 3 scale
groups <- cut(minimat,c(0,0.4,0.6,1))
levels(groups) <- 1:length(levels(groups))
groups<-matrix(as.numeric(groups), nrow=5)

# Build your palette
my_palette <- c("green","red", "blue")

# In heatmap.2 use groups as values to color with your palette 
# and minimat to display values.
heatmap.2(x = groups, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, col = my_palette, dendrogram = "none", cellnote = minimat, notecol = "black", notecex = 2, trace = "none", key = FALSE, margins = c(2, 2))

R中基质细胞的条件着色

2 个答案: