表中细胞的条件着色

Question

我正在尝试根据单元格中的值创建一个数据表，其单元格是不同的颜色。我可以使用addtable2plot包中的函数plotrix来实现此目的。 addtable2plot函数在已存在的图上放置一个表。该解决方案的问题在于我不想要一个情节，只需要表格。

我还查看了heatmap函数。问题是我的表中的一些值是字符，而我所知道的heatmap函数只接受数字矩阵。此外，我希望我的列名称位于表格的顶部，而不是底部，这似乎不是一个选项。

以下是addtable2plot的示例代码。如果我只能拿到桌子，填满整个屏幕，那就太好了。

library(plotrix)

testdf<-data.frame(Before=c(10,7,5,9),During=c(8,6,2,5),After=c(5,3,4,3))
rownames(testdf)<-c("Red","Green","Blue","Lightblue")
barp(testdf,main="Test addtable2plot",ylab="Value",
     names.arg=colnames(testdf),col=2:5)
# show most of the options including the christmas tree colors
abg<-matrix(c(2,3,5,6,7,8),nrow=4,ncol=3)
addtable2plot(2,8,testdf,bty="o",display.rownames=TRUE,hlines=TRUE,
              vlines=TRUE,title="The table",bg=abg)

非常感谢任何帮助。

Answer 1

替代heatmap：

library(gplots)

# need data as matrix
mm <- as.matrix(testdf, ncol = 3)

heatmap.2(x = mm, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, dendrogram = "none",
          cellnote = mm, notecol = "black", notecex = 2,
          trace = "none", key = FALSE, margins = c(7, 11))

在heatmap.2情节的一侧，要绘制的axis是硬编码的。但是如果在控制台键入“heatmap.2”并将输出复制到编辑器，则可以搜索axis(1，其中1是side参数（两次点击）。然后，您可以从1（图表下方的轴）更改为3（图表上方的轴）。将更新的功能分配给新名称，例如heatmap.3，并按上述方式运行。

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addtable2plot替代

library(plotrix)

# while plotrix is loaded anyway:
# set colors with color.scale
# need data as matrix*
mm <- as.matrix(testdf, ncol = 3)
cols <- color.scale(mm, extremes = c("red", "yellow"))

par(mar = c(0.5, 1, 2, 0.5))
# create empty plot
plot(1:10, axes = FALSE, xlab = "", ylab = "", type = "n")

# add table
addtable2plot(x = 1, y = 1, table = testdf,
              bty = "o", display.rownames = TRUE,
              hlines = TRUE, vlines = TRUE,
              bg = cols,
              xjust = 2, yjust = 1, cex = 3)

# *According to `?color.scale`, `x` can be a data frame.
# However, when I tried with `testdf`, I got "Error in `[.data.frame`(x, segindex) : undefined columns selected".

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color2D.matplot替代

library(plotrix)
par(mar = c(0.5, 8, 3.5, 0.5))
color2D.matplot(testdf, 
                show.values = TRUE,
                axes = FALSE,
                xlab = "",
                ylab = "",
                vcex = 2,
                vcol = "black",
                extremes = c("red", "yellow"))
axis(3, at = seq_len(ncol(testdf)) - 0.5,
     labels = names(testdf), tick = FALSE, cex.axis = 2)
axis(2, at = seq_len(nrow(testdf)) -0.5,
     labels = rev(rownames(testdf)), tick = FALSE, las = 1, cex.axis = 2)

经过这个小练习后，我倾向于同意@Drew Steen的观点，即LaTeX替代品也可以进行调查。例如，请检查here和here。

Answer 2

你可以使用grid和gtable来破解某些东西，

palette(c(RColorBrewer::brewer.pal(8, "Pastel1"),
          RColorBrewer::brewer.pal(8, "Pastel2")))


library(gtable)
gtable_add_grobs <- gtable_add_grob # alias

d <- head(iris, 3)
nc <- ncol(d)
nr <- nrow(d)

extended_matrix <- cbind(c("", rownames(d)), rbind(colnames(d), as.matrix(d))) 

## text for each cell
all_grobs <- matrix(lapply(extended_matrix, textGrob), ncol=ncol(d) + 1)

## define the fill background of cells
fill <- lapply(seq_len(nc*nr), function(ii) 
  rectGrob(gp=gpar(fill=ii)))

## some calculations of cell sizes
row_heights <- function(m){
  do.call(unit.c, apply(m, 1, function(l)
    max(do.call(unit.c, lapply(l, grobHeight)))))
}

col_widths <- function(m){
  do.call(unit.c, apply(m, 2, function(l)
    max(do.call(unit.c, lapply(l, grobWidth)))))
}

## place labels in a gtable
g <- gtable_matrix("table", grobs=all_grobs, 
                   widths=col_widths(all_grobs) + unit(4,"mm"), 
                   heights=row_heights(all_grobs) + unit(4,"mm"))

## add the background
g <- gtable_add_grobs(g, fill, t=rep(seq(2, nr+1), each=nc), 
                      l=rep(seq(2, nc+1), nr), z=0,name="fill")

## draw
grid.newpage()
grid.draw(g)

Answer 3

基于ggplot2的hacky解决方案的排序。我并不完全理解您实际想要如何映射颜色，因为在您的示例中，表中的颜色未映射到testdf的rownames，但在此我已将颜色映射到{{1 （转换为因子）。

value

您可以使用testdf$color <- rownames(testdf) dfm <- melt(testdf, id.vars="color") p <- ggplot(dfm, aes(x=variable, y=color, label=value, fill=as.factor(value))) + geom_text(colour="black") + geom_tile(alpha=0.2) p 更改值映射到的变量，并且可以使用fill=更改映射。

那就是说，我很想看到一个产生实际表格的解决方案，而不是伪装成表格的情节。可能使用Sweave和LaTeX表？