如我在这里发布的那样如何制作PCA图

Question

我know how to use the PCA results to draw the circle，但未能根据x.lab的绘图结果绘制y.lab和s.class。

如何制作我在这里发布的情节？  我想问一下这个问题。

1. 如何根据另一个整数变量使点更大或更小？

2. 可以ggplot2绘制与s.class相同的圈子吗？ The previous answers不显示如何绘制圆圈。

Answer 1

使用尺寸调整点杖的大小。可以通过stat_ellipsis

添加省略号

pca <- prcomp(iris[iris$Species %in% c("virginica","versicolor"),1:4], retx = TRUE,  scale = TRUE,tol=0.4)
predicted <-predict(pca,iris[,1:4])
ggplot(data.frame(predicted))+aes(x=PC1,y=PC2,color=iris$Species)+geom_point(aes(size=iris$Sepal.Length))+stat_ellipse()+stat_ellipse(level=0.8)

Answer 2

我在pcoa包的msap函数中所做的是仅将s.class用于省略号和质心：

1. 添加空图，标签和限制取决于多个变量：

   plot(0,0, main=paste(name,surname, sep=": "), type = "n",
     xlab=paste("C1 (",var1,"%)"),ylab=paste("C2 (",var2,"%)"), 
     xlim=c(minX-10^floor(log10(abs(minX))),maxX+10^floor(log10(abs(maxX)))), 
     ylim=c(minY-10^floor(log10(abs(minY))),maxY+10^floor(log10(abs(maxY)))),
    frame=TRUE, cex=1.5)
   

   看看xlab。

2. 用不同的颜色/符号绘制不同治疗/组的点数。 您可以在此处使用cex参数设置磅值。

   for(i in 1:ntt){
       points(spcoo[[i]], pch=21, col="black", bg=bgcolors[i])
   }
   

3. 最后使用ade4的c.class绘制椭圆，星星和组标签，但不是点（cpoint = 0）

   s.class(pcol$points, groups, cpoint=0, col=bgcolors, add.plot=TRUE)
   

在我的代码中，我得到了一个像PCOA那样的数字：