如何有效地计算numpy数组中每个单元格的函数?

时间:2016-01-17 00:11:55

标签: python performance numpy matrix

我想迭代一个numpy数组并不是最有效的方法,我可以看到我的程序真的很慢,因为我有一个更大的数据集。

1)迭代矩阵并将函数应用于每个单元格的方法是什么?

这是代码的一部分:

# States and data are two lists with a few appended items ~100
rows = len(self.states)
cols = len(self.data)
self.trellis = np.zeros((rows, cols))
    for i, state in enumerate(self.states):
        for j, vector in enumerate(self.data):
            self.trellis[i][j] = mvnun_wrapper(vector, state.mu, state.sigma, vector_length)

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

这似乎是一个经典的numpy问题。 states听起来像state列表中包含2个属性,musigma

我认为vector_length在这里是必不可少的,并假设mvnun是三个标量的函数。

然后试试:

mu = [state.mu for state in states]
sigma = [state.sigma for state in states]
v=np.asarray(vector).reshape(-1,1) # a "column" vector
result = mvnun(v,mu,sigma)

举个例子:

class state():
    def __init__(self):
        self.mu=np.random.random()
        self.sigma=np.random.random() 

states=[state() for _ in range(10)]  # 10 states
vector=list(range(5))  # a 5-vector
def mvnun(x,m,s) : return x*m+3*x*s # a scalar function

mu=[state.mu for state in states]
sigma = [state.sigma for state in states]
v=np.asarray(vector).reshape(-1,1) # a "column" vector
result = mvnun(v,mu,sigma)

result.shape(5,10)