总结壳数

Question

我想总结每行的整数。我有一个数据文件，我在其中提取信息。

我使用此命令提取第10列中值大于0.25的第7个信息。我想获得超过0.25值的整数总数。但我得到一个超过0.25的整数列表

import ast

ans = ast.literal_eval

我现在收到的示例输出：

awk -F"\t" 'NR>1{split($10,a,":"); count10[a[7]]++} END {for (i in count10) if (i>0.25) print i, count10[i]}' mygene.vcf

我的要求：

0.689 7
0.648 9
0.607 83
0.279 26

样本数据（第10栏）

125

Answer 1

你基本上已经拥有它了。而不是为for循环的每次迭代执行打印，而是累积为总和并打印：

awk -F"\t" 'NR>1 {split($10,a,":"); 
                  count10[a[7]]++} 
            END  {for (i in count10) 
                    if (i>0.25) 
                      sum += count10[i];
                  print sum }' mygene.vcf