基于子字符串拆分配对样本

Question

我有两组配对样本，可以用前两个字母分隔。我想基于配对使用[tn][abc]。

之类的东西制作两组

Example of paired samples:
nb-008  ta-008
na015   ta-015

数据：

    > colnames(data)
      "nb-008"  "nb-014"  "na015"   "na-018"  "ta-008"   "tc-014"  "ta-015"  "ta-018"  

  patient <- factor(sapply(str_split(colnames(data), '[tn][abc]'), function(x) x[[1]]))

Answer 1

我们可以使用sub创建分组变量。我们匹配字符串（..）后面的2个字符（^）的模式，后跟-（如果存在），后跟一个或多个字符（{{1} }）我们捕获为一个组（在括号内），并由反向引用（.*）替换。这可用于\\1列名称。

split

数据

split(colnames(data), sub('^..-?(.*)', '\\1', colnames(data))))
#$`008`
#[1] "nb-008" "ta-008"

#$`014`
#[1] "nb-014" "tc-014"

#$`015`
#[1] "na015"  "ta-015"

#$`018`
#[1] "na-018" "ta-018"