如何解析我想在shell命令中提取的单词？

Question

我是linux命令的新手。

我正在尝试管理大型数据文件，我正在向您展示如下所示的一行。

6       129781361       TAR20   DB;DP=95;FS=0.321;GC=39.60;MQ=60.00;SOMATIC;VT=SNP

我想要提取的是“FS及其价值。

所以，我想在FS字段中包含一个值0.321。

当然，我可以使用R语言和其他编程语言提取这些值。

然而，这是非常费力的任务，因为我现在使用linux命令。

因此，我想学习如何提取FS字段及其价值。

你能告诉我如何以有效的方式从FS中提取0.321吗？

谢谢！

Answer 1

您可以使用awk：

awk -F '[ ;,]+' '{print $6}' file
FS=0.321

获得价值部分：

awk -F '[ ;,]+' 'split($6, a, "="){print a[2]}' file
0.321

或使用grep -oP（gnu-grep）：

grep -oP 'FS=\K[\d.]+' file
0.321

Answer 2

例如，您可以使用：

127.0.0.1

这将提取＆＃34; FS =＆＃34;之间的所有内容。和下一个分号或行尾，以先到者为准。