Question

我有两组，每组有3个变量，如下所示：

Group1:
     cost time quality
[1,]   90    4      70
[2,]    4   27      37
[3,]   82    4      17
[4,]   18   41       4

组2：

       cost time quality
[1,]    4   27       4

计算两组间马哈拉诺比斯距离的代码如下：

      benchmark<-rbind(c(90,4,70),c(4,27,37),c(82,4,17),c(18,41,4))
           colnames(benchmark)=c('cost','time','quality')
           current=rbind(c(4,27,4))
           colnames(current)=c('cost','time','quality')
    bdm<-as.matrix(benchmark)
    cdm<-as.matrix(current)
  mat1<-matrix(bdm,ncol=ncol(bdm),dimnames=NULL)
        mat2<-matrix(cdm,ncol=ncol(cdm),dimnames=NULL)

        #center Data
        mat1.1<-scale(mat1,center = T,scale = F)
        mat2.1<-scale(mat2,center=T,scale=F)

        #cov Matrix
        mat1.2<-cov(mat1.1,method="pearson")

        mat2.2<-cov(mat2.1,method="pearson")

        #the pooled covariance is calculated using weighted average
        n1<-nrow(mat1)
        n2<-nrow(mat2)
        n3<-n1+n2
        #pooled matrix
        #pooled matrix
        mat3<-((n1/n3)*mat1.2) + ((n2/n3)*mat2.2)

        mat4<-solve(mat3)

        #Mean diff
        mat5<-as.matrix((colMeans(mat1)-colMeans(mat2)))
        #multiply
        mat6<-t(mat5)%*%mat4
        #Mahalanobis distance  
        sqrt(mat6 %*% mat5)

结果为NA，但当我输入以下链接calculate mahalanobis distance中的值来计算马哈拉诺比斯距离时，它显示了group1和group2之间的Mahalanobis距离= 2.4642

此外，我收到的错误消息是：

Error in ((n1/n3) * mat1.2) + ((n2/n3) * mat2.2) : non-conformable arrays

和警告信息：

In colMeans(mat1) - colMeans(mat2) :
  longer object length is not a multiple of shorter object length

Answer 1

我觉得你要做的事情必须存在于某个R包中。经过彻底的搜索，我在包D.sq中找到了函数asbio，它看起来非常接近。此函数需要2个矩阵作为输入，因此它不适用于您的示例。我还包括一个修改版本，它接受第二个矩阵的向量。

# Original Function
D.sq <- function (g1, g2) {
    dbar <- as.vector(colMeans(g1) - colMeans(g2))
    S1 <- cov(g1)
    S2 <- cov(g2)
    n1 <- nrow(g1)
    n2 <- nrow(g2)
    V <- as.matrix((1/(n1 + n2 - 2)) * (((n1 - 1) * S1) + ((n2 - 
        1) * S2)))
    D.sq <- t(dbar) %*% solve(V) %*% dbar
    res <- list()
    res$D.sq <- D.sq
    res$V <- V
    res
}

# Data
g1 <- matrix(c(90, 4, 70, 4, 27, 37, 82, 4, 17, 18, 41, 4), ncol = 3, byrow = TRUE)
g2 <- c(2, 27, 4)

# Function modified to accept a vector for g2 rather than a matrix
D.sq2 <- function (g1, g2) {
    dbar <- as.vector(colMeans(g1) - g2)
    S1 <- cov(g1)
    S2 <- var(g2)
    n1 <- nrow(g1)
    n2 <- length(g2)
    V <- as.matrix((1/(n1 + n2 - 2)) * (((n1 - 1) * S1) + ((n2 - 
        1) * S2)))
    D.sq <- t(dbar) %*% solve(V) %*% dbar
    res <- list()
    res$D.sq <- D.sq
    res$V <- V
    res
}

然而，这并没有给出你期望的答案：D.sq2(g1,g2)$D.sq返回2.2469。

也许您可以将原始matlab方法与这些详细信息进行比较，并找出差异的来源。快速浏览表明，差异在于如何计算V中的分母。对我而言，这也可能是一个错误，但希望这会让你前进。

R中的马哈拉诺比斯距离为2 goups

1 个答案: