Question

我想制作r值的相关矩阵（对于Pearson的相关系数），并以编程方式将粗体格式应用于p值小于0.05或0.01或其他值的值。这些类型的表在科学文献中很常见，因此在使用Rmarkdown时使用简单的方法生成它们会很有用。例如：

# compute matrix correlation
library(Hmisc)
df3 <- rcorr(as.matrix(mtcars), type="pearson")

# we get a list of three items, first item is df of r values
# third item in df of p values
df3

> df3
       mpg   cyl  disp    hp  drat    wt  qsec    vs    am  gear  carb
mpg   1.00 -0.85 -0.85 -0.78  0.68 -0.87  0.42  0.66  0.60  0.48 -0.55
cyl  -0.85  1.00  0.90  0.83 -0.70  0.78 -0.59 -0.81 -0.52 -0.49  0.53
disp -0.85  0.90  1.00  0.79 -0.71  0.89 -0.43 -0.71 -0.59 -0.56  0.39
hp   -0.78  0.83  0.79  1.00 -0.45  0.66 -0.71 -0.72 -0.24 -0.13  0.75
drat  0.68 -0.70 -0.71 -0.45  1.00 -0.71  0.09  0.44  0.71  0.70 -0.09
wt   -0.87  0.78  0.89  0.66 -0.71  1.00 -0.17 -0.55 -0.69 -0.58  0.43
qsec  0.42 -0.59 -0.43 -0.71  0.09 -0.17  1.00  0.74 -0.23 -0.21 -0.66
vs    0.66 -0.81 -0.71 -0.72  0.44 -0.55  0.74  1.00  0.17  0.21 -0.57
am    0.60 -0.52 -0.59 -0.24  0.71 -0.69 -0.23  0.17  1.00  0.79  0.06
gear  0.48 -0.49 -0.56 -0.13  0.70 -0.58 -0.21  0.21  0.79  1.00  0.27
carb -0.55  0.53  0.39  0.75 -0.09  0.43 -0.66 -0.57  0.06  0.27  1.00

n= 32 


P
     mpg    cyl    disp   hp     drat   wt     qsec   vs     am     gear   carb  
mpg         0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0171 0.0000 0.0003 0.0054 0.0011
cyl  0.0000        0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0004 0.0000 0.0022 0.0042 0.0019
disp 0.0000 0.0000        0.0000 0.0000 0.0000 0.0131 0.0000 0.0004 0.0010 0.0253
hp   0.0000 0.0000 0.0000        0.0100 0.0000 0.0000 0.0000 0.1798 0.4930 0.0000
drat 0.0000 0.0000 0.0000 0.0100        0.0000 0.6196 0.0117 0.0000 0.0000 0.6212
wt   0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000        0.3389 0.0010 0.0000 0.0005 0.0146
qsec 0.0171 0.0004 0.0131 0.0000 0.6196 0.3389        0.0000 0.2057 0.2425 0.0000
vs   0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0117 0.0010 0.0000        0.3570 0.2579 0.0007
am   0.0003 0.0022 0.0004 0.1798 0.0000 0.0000 0.2057 0.3570        0.0000 0.7545
gear 0.0054 0.0042 0.0010 0.4930 0.0000 0.0005 0.2425 0.2579 0.0000        0.1290
carb 0.0011 0.0019 0.0253 0.0000 0.6212 0.0146 0.0000 0.0007 0.7545 0.1290

然后我可以使用knitr :: kable制作一个降价表：

> knitr::kable(df3[[1]])


|     |        mpg|        cyl|       disp|         hp|       drat|         wt|       qsec|         vs|         am|       gear|       carb|
|:----|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|
|mpg  |  1.0000000| -0.8521619| -0.8475513| -0.7761683|  0.6811719| -0.8676594|  0.4186840|  0.6640389|  0.5998324|  0.4802848| -0.5509251|
|cyl  | -0.8521619|  1.0000000|  0.9020329|  0.8324475| -0.6999381|  0.7824958| -0.5912421| -0.8108118| -0.5226070| -0.4926866|  0.5269883|
|disp | -0.8475513|  0.9020329|  1.0000000|  0.7909486| -0.7102139|  0.8879799| -0.4336979| -0.7104159| -0.5912271| -0.5555692|  0.3949769|
|hp   | -0.7761683|  0.8324475|  0.7909486|  1.0000000| -0.4487591|  0.6587479| -0.7082234| -0.7230967| -0.2432043| -0.1257043|  0.7498125|
|drat |  0.6811719| -0.6999381| -0.7102139| -0.4487591|  1.0000000| -0.7124406|  0.0912048|  0.4402785|  0.7127111|  0.6996101| -0.0907898|
|wt   | -0.8676594|  0.7824958|  0.8879799|  0.6587479| -0.7124406|  1.0000000| -0.1747159| -0.5549157| -0.6924953| -0.5832870|  0.4276059|
|qsec |  0.4186840| -0.5912421| -0.4336979| -0.7082234|  0.0912048| -0.1747159|  1.0000000|  0.7445354| -0.2298608| -0.2126822| -0.6562493|
|vs   |  0.6640389| -0.8108118| -0.7104159| -0.7230967|  0.4402785| -0.5549157|  0.7445354|  1.0000000|  0.1683451|  0.2060234| -0.5696071|
|am   |  0.5998324| -0.5226070| -0.5912271| -0.2432043|  0.7127111| -0.6924953| -0.2298608|  0.1683451|  1.0000000|  0.7940587|  0.0575344|
|gear |  0.4802848| -0.4926866| -0.5555692| -0.1257043|  0.6996101| -0.5832870| -0.2126822|  0.2060234|  0.7940587|  1.0000000|  0.2740728|
|carb | -0.5509251|  0.5269883|  0.3949769|  0.7498125| -0.0907898|  0.4276059| -0.6562493| -0.5696071|  0.0575344|  0.2740728|  1.0000000|

然后我想以某种方式编写一些代码，根据另一个数据框中的值修改特定单元格的降价。例如，在此表中，将具有相应p值的r值设为粗体<0.001。

我该怎么做？也许使用像这样的pander：How to bold a cell in a table (kable) in rmarkdown?

Answer 1

我们可以这样做，使用pander：

library(pander)
library(Hmisc)

# compute matrix correlation
df3 <- rcorr(as.matrix(mtcars), type="pearson")

# we get a list of three items, first item is df of r values
# third item in df of p values
df3

# make cells of r values bold if p value is <0.01
emphasize.strong.cells(which(df3[[3]] < 0.001, arr.ind = TRUE))
pander(df3[[1]])

给出了：

----------------------------------------------------------
  &nbsp;       mpg         cyl        disp         hp     
---------- ----------- ----------- ----------- -----------
 **mpg**        1      **-0.8522** **-0.8476** **-0.7762**

 **cyl**   **-0.8522**      1       **0.902**  **0.8324** 

 **disp**  **-0.8476**  **0.902**       1      **0.7909** 

  **hp**   **-0.7762** **0.8324**  **0.7909**       1     

 **drat**  **0.6812**  **-0.6999** **-0.7102**   -0.4488  

  **wt**   **-0.8677** **0.7825**   **0.888**  **0.6587** 

 **qsec**    0.4187    **-0.5912**   -0.4337   **-0.7082**

  **vs**    **0.664**  **-0.8108** **-0.7104** **-0.7231**

  **am**   **0.5998**    -0.5226   **-0.5912**   -0.2432  

 **gear**    0.4803      -0.4927   **-0.5556**   -0.1257  

 **carb**    -0.5509      0.527       0.395    **0.7498** 
----------------------------------------------------------
[output snipped]

当呈现为HTML时（使行名称也变为粗体的副作用）：

这样的事情只能使用knitr吗？

对Rmarkdown表中的重要值进行粗体格式化

1 个答案: