使用h5py

Question

我已将此数据集保存在此表单中，如下图所示（HDF5格式）。所以我有不同的组，即4,2,40等。对于每个组，我有2个数据集Annotation和Features。我已经使用代码成功保存了它们，但我无法加载它们。

奇怪的是，只有当我尝试阅读Annotation时才会发生错误。当我尝试阅读Features时，阅读工作正常。

我使用以下代码：

dataSet = np.array([])
annotation = np.array([])
hdf5Object = readHDF5File('abc.hdf5','r')
w = 2
myGroup = hdf5Object[str(w)]

dataSet = np.array(myGroup['Features'])
annotation = np.array(myGroup['Annotation'])

请在这里赐教，因为我现在已经为此做了很多努力。感谢。

编辑1

我在阅读Annotation

时收到以下错误消息

Traceback (most recent call last):
  File "xyz.py", line 76, in getAllData
    annotation = np.array(myGroup['Annotation'])
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/group.py", line 153, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)
  File "h5o.pyx", line 173, in h5py.h5o.open (h5py/h5o.c:3403)
KeyError: "unable to open object (Symbol table: Can't open object)"

编辑2

所以hdf5文件分两步形成，第一步Features计算如下：

features = <numpy array of thousand rows and 100 columns contains only floating numbers>
w = 2
f = h5py.File('abc.hdf5', 'a')
myGroup = f[str(w)]
myGroup.create_dataset('Features', data=features)

附加了不同的w文件，并在不同时间计算了功能。

对于注释，使用相同类型的过程。 Annotation也只包含浮点数。

编辑3

以下图片是一个Annotation的{​​{1}}和Features中的数据内容。左侧窗口为w，右侧窗口为Annotation。

Answer 1

我刚刚发现我尝试访问数据集的方式是使用string，并且在保存数据集名称时，它保存在unicode或utf-8下。因此，当我将数据集名称转换为utf-8时，它可以正常工作。

我如何计算出其数据类型

    myGroup = hdf5Object[str(w)]
    childsIter = myGroup.iterkeys()
    for child in childsIter:
        print type(child)

这给了我一个线索，即我的数据集密钥的数据类型是unicode而不仅仅是字符串。所以我将我的字符串转换为unicode如下：

key = unicode('Annotation', "utf-8")
dS = np.array(myGroup[key])

或

myGroup = hdf5Object[str(w)]
childsIter = myGroup.iterkeys()
for child in childsIter:
    dS = np.array(myGroup[child])