如何跟踪数据帧并将其保存在每一轮循环中?

时间:2015-12-23 22:44:28

标签: r loops phylogeny

我只需要在每次循环时保存df并将其保存为csv或类似的东西!

#Q是矩阵,树是phyllo对象

library(ape)
library(phytools)

for(l in 1:length(Q.all)){
for(k in 1:length(trees)){

tree<- trees[[k]]
Q<- Q.all[[l]]

file1<- sim.history (tree, Q, nsim=10)

df<- getStates(file1, type="tips")

df2 <- as.data.frame(matrix(nrow=nrow(df),ncol=length(file1)))

for(i in 1:length(file1)){  
  for(j in 1:nrow(df)){ 
    x <- df[j,i]
    num <- sum(df[,i] == x) - 1 
    rarity <- 1 - num/(nrow(df)-1)             
    df2[j,i] <- rarity
  }
}

由于

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