Question

我有与OpenMP并行化的fortran代码。我想在运行HPC之前在我的电脑上测试我的代码。我的PC有双核CPU，我在Linux-mint上工作。我安装了gfortranmultilib，这是我的脚本：

#!/bin/bash
### Job name
#PBS -N pme
### Keep Output and Error
#PBS -j eo
### Specify the number of nodes and thread (ppn) for your job.
#PBS -l nodes=1:ppn=2
### Switch to the working directory;
cd $PBS_O_WORKDIR
### Run:
OMP_NUM_THREADS=$PBS_NUM_PPN
export  OMP_NUM_THREADS
ulimit -s unlimited
./a.out

echo 'done'

我应该怎么做才能运行我的代码？

好的，我按照答案中的建议更改了脚本：

#!/bin/bash
### Switch to the working directory;
cd Desktop/test
### Run:
OMP_NUM_THREADS=2
export  OMP_NUM_THREADS
ulimit -s unlimited
./a.out

echo 'done'

我的代码及其可执行文件位于桌面上的文件夹测试中，因此：

cd Desktop/test

这是正确的吗？

然后我编译我的简单代码：

  implicit none
  !$OMP PARALLEL
  write(6,*)'hi'
  !$OMP END PARALLEL
  end

按命令：

gfortran -fopenmp test.f

然后运行：

./a.out

但只有一个＆＃34; hi＆＃34;打印为输出。我该怎么办？（以及关于这个网站的问题：在这样的情况下我应该编辑我的帖子或只是添加评论？）

Answer 1

您不需要也可能不想在PC上使用该脚本。甚至没有学习如何使用这样的脚本，因为这些脚本与每台超级计算机的细节有太多联系。

我使用了几台超级计算机/集群，我不能只重用另一台脚本，因为它们差别很大。

在你的电脑上你应该这样做：

可选，它可能是默认的
```
export OMP_NUM_THREADS=2
```

将OpenMP线程数设置为2.调整是否需要其他数字。

cd到工作目录
```
cd my_working_directory
```

您的工作目录是您拥有所需数据或可执行文件所在位置的目录。在您的情况下，它似乎是a.out所在的目录。

运行该死的东西
```
ulimit -s unlimited
./a.out
```

就是这样。

您还可以将标准输出和错误输出存储到文件

    ./out > out.txt 2> err.txt

模仿超级计算机的行为。

只有在使用qsub运行脚本时才会设置PBS变量。您可能没有在PC上使用它，也可能不想拥有它。

$PBS_O_WORKDIR是运行qsub命令的目录，除非您通过其他方式进行不同的设置。

$PBS_NUM_PPN是您在#PBS -l nodes=1:ppn=2中指明的数字。队列系统会读取并为您设置此变量。

Answer 2

您发布的脚本适用于Portable Batch System（https://en.wikipedia.org/wiki/Portable_Batch_System）队列系统。这意味着，您希望在HPC基础架构上运行的作业必须首先进入队列系统，并且当资源可用时，作业将在系统上运行。

某些命令（以#PBS开头的命令）是此队列系统的特定命令。在这些命令中，一些允许用户指示应用程序进程层次结构（即进程和线程的数量）。另外，请记住，由于所有PBS命令都以＃开头，因此常规shell脚本执行会忽略它们。在您提交的案例中，由

提供

### Specify the number of nodes and thread (ppn) for your job.
#PBS -l nodes=1:ppn=2

作为注释表明它应该告诉队列系统你想要运行1个进程，每个进程将有2个线程。队列系统可能会将这些参数传递给进程启动程序（除了针对OpenMP应用程序的OMP_NUM_THREADS之外，还为MPI应用程序设置srun / mpirun / aprun / ...）。

如果要在没有PBS队列的计算机上运行此作业，您应该至少知道两件事。

1）以下命令

### Switch to the working directory;
cd $PBS_O_WORKDIR

将被翻译成＆＃34; cd＆＃34;因为环境变量PBS_O_WORKDIR仅在PBS作业上下文中定义。因此，您应该更改此命令（或在执行之前执行另一个cd命令），以便修复您要运行作业的位置。

2）类似于PBS_NUM_PPN环境变量，

OMP_NUM_THREADS=$PBS_NUM_PPN
export  OMP_NUM_THREADS

如果您不在PBS作业上下文中运行此变量，则不会定义此变量，因此您应手动将OMP_NUM_THREADS设置为您想要的值（2，根据您的问题）。

Answer 3

如果您希望您的Linux机箱环境像HPC登录节点。您可以执行以下操作

确保您的编译器支持OpenMP，使用OpenMP标志测试一个简单的hello world程序
从您最喜爱的软件包管理器在您的系统上安装OpenMPI，或从网站下载源代码/二进制文件（OpenMPI Download）
我不建议像您的实验那样安装像Slurm这样的集群管理器

完成后，您可以通过mpirun包装器执行MPI程序

mpirun -n <no_of_cores> <executable>

编辑：

这假设你只运行这个MPI。请注意，OpenMP也使用核心。如果您在单个节点上运行MPI + OpenMP - n*OMP_NUM_THREADS=cores。

在PC上运行并行代码

3 个答案: