使用R而不使用X11

时间:2015-12-14 22:06:52

标签: r x11 x11-forwarding

我正在使用LSF服务器并使用bsub命令将perl包装器脚本运行到R脚本。这是我的命令:

bsub -XF -n 1 -R "rusage[mem=16]" -We 60 -J <job_array> -o out.log 'script.pl <script arguments>'

这个perl脚本调用一个R脚本进行一些计算,然后打印一个PNG图。 R在我们的LSF群集上设置,使得它不允许在不启用X11转发的情况下启动PNG设备。我启用了X11转发,这个工作正常,直到我想使用Job数组。根据LSF手册,作业阵列与X11转发不兼容。

这需要我们更改脚本以写入PDF文件而不是PNG,但是,我们不想更改我们当前使用的脚本,因为这些脚本是更大的,公开可用的管道的一部分,我们会不希望公开版本和本地安装版本之间存在任何差异。

无论如何我们可以使用R来编写没有X11转发的PNG图吗?

谢谢!

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