如何在python中获得序列的反向补码

时间:2015-12-09 03:24:45

标签: python

我正在尝试构建一个程序,它反转输入的序列,然后要求用户输入另一个序列,直到用户输入不包含A,T,G,C的序列并提供错误消息。我的下面的代码给出了反向补码,但没有提示用户输入另一个序列,任何建议都会有所帮助。

这是我的代码:

def revcomp(s, reverse, complement):
    bases = 'ATGCTACG'
    complement_dict = {bases[i]:bases[i+4] for i in range(4)}
    if reverse:
       dna = reversed(dna)
       result_as_list = None
    if complement:
       result_as_list = [complement_dict[base] for base in dna]
    else:
       result_as_list = [base for base in dna]
       return ''.join(result_as_list)

s = input("enter sequence")
variable = revcomp(s, reverse, complement)
print("Reverse comp", variable)

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