Question

我一直试图逆转fasta DNA序列的补体。这是我的代码：

fastafile=open('sequence (3).fasta','r')
entries=[]
reverse=""
sequence=['A','T','G','C','N']
for line in fastafile:
    if not line.startswith('>'):
        line = line.split()
        entries.append(line)
print entries
for index in range(0,len(entries[::-1])):
    if index !=sequence:
        print "this is not a valid nucleotide"
        break
    else:
        if index=='A':
            reverse+='T'
        elif index=='T':
            reverse+='A'
        elif index=='C':
            reverse+='G'
        elif index=='G':
            reverse+ 'C'
        elif index=='N':
            reverse+='N'
print reverse

每次我得到输出，这都不是一个有效的核苷酸，即使我的条目打印显示它有序列中的项目。这是我打印肠衣时的输出样本;

[['GCTCCCCTGAGGTTCGGCACCCACACTCCCTTCCCAGGAGCTCGCGATGCAAGAGCCACAGTCAGAGCTC'], ['AATATCGACCCCCCTCTGAGCCAGGAGACATTTTCAGAATTGTGGAACCTGCTTCCTGAAAACAATGTTC'], ['TGTCTTCGGAGCTGTGCCCAGCAGTGGATGAGCTGCTGCTCCCAGAGAGCGTCGTGAACTGGCTAGACGA']

如何覆盖此问题？我只是想补充一点，我大约2个月前才开始认真地使用python进行编程，所以我仍在学习和改进。谢谢！

Answer 1

你的循环语句是：

for index in range(0,len(entries[::-1])):

这将迭代条目的长度，即0, 1, 2, 3, ..., len(entries)。

执行if index != sequence时，实际上是将整数与列表进行比较，例如if 3 != ['A', 'C', 'T', 'G']。我假设你可以看到没有意义。您可能想要做的是查看序列中的核苷酸是否是有效的核苷酸，因为它位于sequence列表中。你可以这样做：

if entries[::-1][index] in sequence # Will be true if the nucleotide at entries[::-1][index] is inside sequence

让我说两件事：

首先，您不必将范围设为len(entries[::-1])，它与len(entries)相同
其次，更重要的是，有一个专门用于生物信息学的实际模块构建。它被称为Biopython。它有特殊的对象和功能。例如，您的问题可以解决如下：

-

from Bio.Seq import Seq

dna = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG")
print dna.reverse_complement()

输出： CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

我试图逆转fasta DNA序列的补体

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