Question

我使用pairwise.t.test命令，我有以下变量：

bestID = 28

> ptt <- pairwise.t.test(aovFrame$partAvg,aovFrame$id,p.adjust="bonf", conf.level = 0.95)
> ptt

    Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

data:  aovFrame$partAvg and aovFrame$id 

   12     13     15     24     28     29    
13 <2e-16 -      -      -      -      -     
15 <2e-16 <2e-16 -      -      -      -     
24 <2e-16 <2e-16 <2e-16 -      -      -     
28 <2e-16 <2e-16 <2e-16 <2e-16 -      -     
29 <2e-16 2e-16  <2e-16 <2e-16 <2e-16 -     
30 <2e-16 <2e-16 1      <2e-16 <2e-16 <2e-16

P value adjustment method: bonferroni

带有bestID的

表示我（作为索引）我要与所有其他ID进行比较的id，并提取其p值。如果两个id之间的p值是＆lt; 0.05然后我想将id（不是28）添加到列表中。

您可以在代码中看到所有28对（按列和按行）与28不相似。

问题是我不知道如何通过INDEX访问paired.t.test字段

使用str(ptt)将输出以下内容：

List of 4
 $ method         : chr "t tests with pooled SD"
 $ data.name      : chr "aovFrame$partAvg and aovFrame$id"
 $ p.value        : num [1:6, 1:6] 2.12e-20 1.11e-154 0.00 7.24e-26 1.19e-66 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:6] "13" "15" "24" "28" ...
  .. ..$ : chr [1:6] "12" "13" "15" "24" ...
 $ p.adjust.method: chr "bonferroni"
 - attr(*, "class")= chr "pairwise.htest"

我无法从中了解如何访问INDEX

Answer 1

要回答问题＆＃34;我需要一种自动方式从ptt对应bestID提取p值。（参见关于OP的评论帖子）：

ptt$p.value[as.character(bestID),]

R如何使用pairwise.t.test值

1 个答案: