我希望有人可以帮助我。
我有一个无向图g，其中n = 2071个节点，m = 9023个边。 我使用igraph包计算了R中的图密度，得到了以下结果：
> graph.density(g,loop=FALSE)
[1] 0.00210475
然而，使用图密度的公式，即密度=平均度/（n-1），我得到以下结果：
> mean(degree(g))/(vcount(g)-1)
[1] 0.0042095
为什么graph.density（）会给我一个不同的（是错误的？）答案？
另一个问题是，最大偏心率=直径=图的最大最短路径？或者我是否混淆了这些概念？ 使用igraph包在R中计算，我得到以下结果：
> max(shortest.paths(g,mode="all"))
[1] 17
> diameter(g,directed=FALSE,unconnected=FALSE,weights=NULL)
[1] 17
> max(eccentricity(g,mode="all"))
[1] 8
我使用Gephi进行双重检查，直径= 8。 为什么值之间存在差异？
另外，我之前发现了一个几乎相似的问题（igraph radius and diameter），但它并没有提出/回答我想要的问题。它说错误已经修复。
答案 0 :(得分：1)
igraph中的直径计算在执行计算时会考虑边缘权重，因此为了使igraph和Gephi中计算的直径相同，我们需要在igraph中将权重参数设置为'NA'。
diameter(graph_data, weights = NA)
答案 1 :(得分：0)
在计算密度之前，请确保始终simplify保留无向图以除去环路和多个边：
g <- igraph::simplify(g)