Question

我有三个数据帧，每个数据帧的标识符为行名，索引为列值。我想用

将这三个绑定在一起

all_indexes <- cbind(res_RNA_1,res_RNA_2,res_RNA_3)

但这会使res_RNA_2和res_RNA_3的列值与res_RNA_2相同。下面是数据帧的头部

> head(res_RNA_1)
                index_1
ENSG00000259884         1
ENSG00000166888         2
ENSG00000259954         3
ENSG00000228509         4
ENSG00000266658         5
ENSG00000267598         6
> head(res_RNA_2)
                index_2
ENSG00000123358         1
ENSG00000158050         2
ENSG00000120738         3
ENSG00000137312         4
ENSG00000137331         5
ENSG00000131196         6
> head(res_RNA_3)
                index_3
ENSG00000123358          1
ENSG00000138166          2
ENSG00000119508          3
ENSG00000158050          4
ENSG00000120738          5
ENSG00000166886          6

和

> head(all_indexes)
                res_RNA_1 res_RNA_2  res_RNA_3
ENSG00000259884         1         1          1
ENSG00000166888         2         2          2
ENSG00000259954         3         3          3
ENSG00000228509         4         4          4
ENSG00000266658         5         5          5
ENSG00000267598         6         6          6

当我查看顶行并执行res_RNA_2["ENSG00000259884",]时，我得到[1] 50491，因此它与res_RNA_2和res_RNA_3的值相同res_RNA_1 1}}。

我用下面的代码测试了它，这确实做了我期望的事情。但是，我无法在上面找到与以下简单代码不同的内容。

> test1 <- data.frame(c(1,2,3),row.names=c('a','b','c'))
> test2 <- data.frame(c(2,1,3),row.names=c('a','b','c'))
> test3 <- data.frame(c(3,2,1),row.names=c('a','b','c'))
> test_cbind <- cbind(test1,test2,test3)
> test_cbind
  c.1..2..3. c.2..1..3. c.3..2..1.
a          1          2          3
b          2          1          2
c          3          3          1

Answer 1

据推测，您实际上需要合并，以便标识符值与其＆＃34;索引值＆＃34;保持一致，因此这样的事情可能更有用：

all_indexes <- do.call('merge', list(res_RNA_1,res_RNA_2,res_RNA_3, by='rownames') )

如果没有一个好的测试对象，我不知道这是否正确，但我知道SO上有多个工作示例。因此，我使用了您的测试对象，并将rownames的顺序解压缩，以匹配问题的复杂性：

 test1 <- data.frame(c(1,2,3),row.names=c('a','b','c'))
 test2 <- data.frame(c(7,9,12),row.names=c('b','c','a'))
 test3 <- data.frame(c(20, 30, 40),row.names=c('c','b','a'))
 Reduce(function(x,y) {temp <- merge(x,y,by='row.names'); 
                       rownames(temp) <- temp[['Row.names']] # put back rownames as rownames
                       temp[-1]},  # removes the column "Row.names'
          list(test1,test2,test3) )
  c.1..2..3. c.7..9..12. c.20..30..40.
a          1          12            40
b          2           7            30
c          3           9            20

为什么我的cbind不保留列位置？

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