设置＆＃39; texi2dvi＆＃39;对于＆＃39; R CMD Rd2pdf＆＃39;

时间：2015-11-30 20:06:45

标签： r documentation packages texinfo

我的texi2dvi显然位于R CMD Rd2pdf没有预料到的地方。我的位于/usr/local/bin/texi2dvi，正在寻找/usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi：

[KenMacBook:~/git] % \R CMD Rd2pdf missing
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in running tools::texi2pdf()

我可以通过运行R_TEXI2DVICMD=/usr/local/bin/texi2dvi R CMD Rd2pdf解决此问题，然后正确构建文档。

我想将此设置放在我的.Rprofile中，以便像RStudio（它不会读取我的.zshrc）和其他随机R会话之类的内容会看到该设置。但是，以下这两项似乎都没有对我的.Rprofile：

产生任何影响 
Sys.setenv(R_TEXI2DVICMD='/usr/local/bin/texi2dvi')
options(texi2dvi='/usr/local/bin/texi2dvi')

我猜.Rprofile没有被R CMD命令读取，这是正确的吗？是否有适当的地方放置我的设置？

更新

由于Dirk怀疑我怀疑.RProfile影响R CMD Rd2pdf :-)，这是我的证据：

[KenMacBook:~/git] % tail -n2 ~/.Rprofile
Sys.setenv(TEXI2DVI='/no/where')
cat("End of RProfile\n")

[KenMacBook:~/git] % Rscript -e '2+2'    
End of RProfile
[1] 4

[KenMacBook:~/git] % R CMD Rd2pdf missing
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in running tools::texi2pdf()

请注意，文件的设置在正常的R会话中受到尊重，但设置TEXI2DVI在此处无效。

3 个答案:

答案 0 :(得分：1)

这似乎是错误的，因为/usr/local/bin/texi2dvi应该在$PATH中。 我有

edd@max:~$ grep texi2dvi /etc/R/Renviron
## used for options("texi2dvi")
R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/bin/texi2dvi'}}
edd@max:~$

请注意，如果您要设置TEXI2DVI环境变量，则可能必须先启动，然后启动R-think ~/.bash_profile

以下示例明确设置TEXI2DVI ：

edd@max:/tmp$ TEXI2DVI=/no/where R CMD Rd2pdf Rcpp-package.Rd 
Converting Rd files to LaTeX ...
  Rcpp-package.Rd
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: 1: /no/where: not found
Output:

Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: 1: /no/where: not found
Output:

Error in running tools::texi2pdf()
edd@max:/tmp$

如您所见，它受到尊重。

编辑：另外，我们不要忘记Renviron和Renviron.site因此您有很多选择，所以请设置他的。

编辑2：您似乎怀疑~/.Rprofile：

edd@max:~$ tail -1 .Rprofile
cat("End of .Rprofile\n")
edd@max:~$ Rscript -e '2+2'
End of .Rprofile
[1] 4
edd@max:~$

答案 1 :(得分：1)

有同样的问题，并想出如何解决它 - 我认为它与先前安装的macports干扰使用brew安装R的路径有关（假设你在OSX上）。

在终端中运行以下命令：

defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE

然后去Apple＆gt;强制退出＆gt; Finder＆gt;重新启动。您现在可以看到隐藏文件了。

在你的用户目录中可能有一个名为.profile的文件，在这个文件中我注释掉了这一行（即在它前面放一个＃，如图所示）。 

#export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH

然后导航到你的R.home（）（通过在R）中运行R.home（）来获得它

R.home()
[1] "/usr/local/Cellar/r/3.2.4_1/R.framework/Resources"

并修改Renviron中的以下行

R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/local/bin/texi2dvi'}}

这为我修好了。

将取景器恢复正常运行

defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles FALSE

终端中的

并重新启动它。

希望有所帮助。

答案 2 :(得分：-1)

与Dirk的来回产生了一些解决方案，但它们已经被埋葬了，所以我在这里总结一下。

诊断：etc/Renviron包含陈旧信息。

我的/usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Versions/3.2/Resources/etc/Renviron文件（使用Homebrew安装）包含以下行：

R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi'}}

这是某人（可能是我，可能是Homebrew的R包创建者）的遗留物，他在默认位置安装了MacTeX，然后该路径在Renviron文件中及时冻结。我的texi2dvi现在位于/usr/local/bin/texi2dvi，因此需要以某种方式覆盖此值。

1）$HOME/.Rprofile和$HOME/.Renviron无济于事。

它们不会很快生效，让R注意到它们。 R根据它在启动时看到的环境设置options("texi2dvi")，

% tail -n2 ~/.Rprofile
Sys.setenv(TEXI2DVI='/no/where')
options(texi2dvi='/no/where/else')

% cat ~/.Renviron
TEXI2DVI=/no/where/at/all

% R CMD Rd2pdf myPackageDirectory   # Still no joy
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
...

有关启动文件的详细信息，请参阅“Initialization at Start of an R Session”，但如上所示，该文档中有关覆盖R_HOME/etc/Renviron的信息可能不正确或不完整。也许它应该在关于R_CHECK_ENVIRON和R_BUILD_ENVIRON的部分中进行修改，以便也包含R CMD RD2*的内容，但我不确定这是不是正在发生的事情，我只知道这不是解决方案。

2）$HOME/.zshrc（和朋友）无济于事。

在OS X上，启动GUI应用程序时不会查询您的shell启动文件。您可以use defaults write or launchctl setenv更改TEXI2DVI变量，以便在R启动时设置它，但您还必须将其粘贴在shell启动文件中，以便进程而不是启动launchd，这是icky。我也version my dotfiles，我不喜欢在launchctl以太地方保留这些配置，我不能轻易记住它。但是launchctl可能是解决这个问题的一种方法。

3）etc/Renviron.site无济于事。

这个令人惊讶 - 我希望它能起作用：

% cat /usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/etc/Renviron.site
R_TEXI2DVICMD=/usr/local/bin/texi2dvi
TEXI2DVI=/usr/local/bin/texi2dvi

% \R CMD Rd2pdf myPackageDirectory
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory

所以Renviron.site的设置在这里没有生效。我变得不耐烦，所以我没有尝试诊断原因。

3）编辑etc/Renviron作为最后的手段

所以这最终有效：

% grep TEXI2DVI /usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/etc/Renviron 
TEXI2DVI=/usr/local/bin/texi2dvi  ## Added by Ken
R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi'}}

我不喜欢它，因为下次升级R时我会丢失这些设置.R的文档专门说"do not change ‘R_HOME/etc/Renviron’ itself"。但至少它有效。

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